Thuế thương mại điện tử: Rủi ro & Kiểm tra toàn diện TLK

I. CĂN CỨ PHÁP LÝ

1. Luật Quản lý thuế số: 38/2019/QH14 được Quốc hội thông qua ngày 13/6/2019;

2. Luật Thuế giá trị gia tăng số: 48/2024/QH15 được Quốc hội thông qua ngày 26/11/2024;

3. Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp số: 67/2025/QH15 được Quốc hội thông qua ngày 14/6/2025;

4. Luật Thuế thu nhập cá nhân số: 109/2025/QH15 được Quốc hội thông qua năm 2025;

5. Nghị định số: 126/2020/NĐ-CP do Chính phủ ban hành ngày 19/10/2020;

6. Nghị định số: 125/2020/NĐ-CP do Chính phủ ban hành ngày 19/10/2020;

7. Thông tư số: 80/2021/TT-BTC do Bộ Tài chính ban hành ngày 29/9/2021;

8. Nghị định số: 181/2025/NĐ-CP hướng dẫn Luật Thuế giá trị gia tăng;

9. Thông tư số: 69/2025/TT-BTC hướng dẫn Luật Thuế giá trị gia tăng.

II. NHẬN ĐỊNH PHÁP LÝ VÀ CHIẾN LƯỢC KIỂM SOÁT RỦI RO

Thương mại điện tử từng được xem là lĩnh vực khó kiểm soát do:

• Giao dịch online;

• Thanh toán qua ví điện tử;

• Doanh thu phân tán nhiều nền tảng;

• Bán hàng xuyên biên giới.

Tuy nhiên hiện nay, cơ quan thuế đã:

• Kết nối dữ liệu với sàn thương mại điện tử;

• Đối chiếu sao kê ngân hàng;

• Phân tích dòng tiền xuyên biên giới;

• Triển khai thanh tra chuyên đề TMĐT.

Điều đó có nghĩa: nếu doanh nghiệp không quản trị thuế bài bản, nguy cơ truy thu nhiều năm là hoàn toàn hiện hữu.

👉 Xem thêm: Dịch vụ kế toán và thuế trọn gói | Hệ sinh thái TLK

Trong bối cảnh đó, việc “kiểm tra toàn diện trước thanh tra” trở thành chiến lược phòng ngừa thông minh – thay vì xử lý bị động khi đã có quyết định kiểm tra.

III. THUẾ GIÁ TRỊ GIA TĂNG TRONG THƯƠNG MẠI ĐIỆN TỬ

Đây là rủi ro đầu tiên và phổ biến nhất.

1. Thời điểm xác định doanh thu

Doanh nghiệp TMĐT thường:

• Bán qua sàn;

• Nhận tiền nhiều đợt;

• Bị giữ lại hoa hồng.

Sai sót phổ biến:

• Ghi nhận doanh thu khi tiền về tài khoản;

• Không xuất hóa đơn đúng thời điểm;

• Nhầm lẫn giữa giao hàng và xác nhận hoàn tất đơn.

Việc xác định sai thời điểm có thể dẫn tới:

• Kê khai thiếu thuế;

• Chênh lệch doanh thu giữa sổ sách và dữ liệu sàn.

Ảnh 1: Rủi ro thuế giá trị gia tăng thương mại điện tử – Công ty Luật TLK – Hotline 097.211.8764 / 0969.760.195

2. Thuế suất áp dụng

Doanh nghiệp phải xác định:

• Hàng hóa bán trong nước;

• Dịch vụ số;

• Giao dịch xuyên biên giới.

Không phải mọi giao dịch online đều được áp dụng mức ưu đãi. Áp dụng sai thuế suất có thể bị truy thu toàn bộ phần chênh lệch.

IV. THUẾ THU NHẬP DOANH NGHIỆP TRONG HOẠT ĐỘNG TMĐT

Nếu VAT là rủi ro về thuế suất, thì thuế thu nhập doanh nghiệp là rủi ro về lợi nhuận chịu thuế.

1. Doanh thu thực tế vs doanh thu kê khai

Cơ quan thuế có thể:

• Đối chiếu dữ liệu sàn;

• So sánh với sao kê ngân hàng;

• Phân tích doanh thu theo tháng.

Nếu doanh nghiệp ghi nhận thiếu, rủi ro ấn định thuế rất cao.

2. Hoa hồng sàn và chi phí marketing

Chi phí phổ biến gồm:

• Phí hoa hồng sàn;

• Chi phí quảng cáo;

• Chi phí vận hành kho;

• Chi phí nền tảng.

Nếu không có:

• Hợp đồng;

• Chứng từ thanh toán không dùng tiền mặt;

• Hồ sơ chứng minh phục vụ hoạt động kinh doanh;

Cơ quan thuế có thể loại khỏi chi phí được trừ.

👉 Xem thêm: Ấn định thuế doanh nghiệp FDI Bắc Ninh – Rủi ro và cách phòng ngừa 2026

3. Chênh lệch tỷ giá và doanh thu xuyên biên giới

Doanh nghiệp TMĐT bán ra nước ngoài hoặc nhận thanh toán quốc tế cần xử lý:

• Quy đổi ngoại tệ đúng thời điểm;

• Ghi nhận lãi/lỗ tỷ giá;

• Phân tích nghĩa vụ thuế liên quan.

Sai sót nhỏ trong xử lý kế toán có thể làm sai toàn bộ lợi nhuận chịu thuế.

V. NGHĨA VỤ CỦA SÀN THƯƠNG MẠI ĐIỆN TỬ VÀ TRÁCH NHIỆM DOANH NGHIỆP

Sàn có trách nhiệm cung cấp dữ liệu và thực hiện nghĩa vụ theo quy định, nhưng:

• Nghĩa vụ kê khai thuế vẫn thuộc về người bán;

• Sàn không thay thế trách nhiệm pháp lý của doanh nghiệp.

Doanh nghiệp không thể dựa vào việc “sàn đã khấu trừ” để miễn trừ nghĩa vụ kê khai.

VI. HÓA ĐƠN ĐIỆN TỬ VÀ NGHĨA VỤ LƯU TRỮ DỮ LIỆU BÁN HÀNG

Trong thương mại điện tử, hóa đơn điện tử là điểm bị kiểm tra đầu tiên.

1. Thời điểm lập hóa đơn

Doanh nghiệp TMĐT thường mắc lỗi:

• Xuất hóa đơn khi tiền về tài khoản thay vì khi hoàn tất giao dịch;

• Gộp nhiều đơn hàng vào một hóa đơn sai thời điểm;

• Không xuất hóa đơn với đơn hàng COD đã giao thành công.

Cơ quan thuế khi thanh tra sẽ đối chiếu:

• Báo cáo đơn hàng từ sàn;

• Dữ liệu giao nhận;

• Nhật ký lập hóa đơn.

Sai lệch nhỏ có thể dẫn tới xác định kê khai thiếu thuế.

2. Lưu trữ dữ liệu bán hàng

Doanh nghiệp phải bảo đảm:

• Lưu trữ dữ liệu giao dịch;

• Lưu lịch sử chỉnh sửa đơn;

• Lưu dữ liệu hoàn trả hàng.

Nếu không cung cấp được dữ liệu khi thanh tra, cơ quan thuế có thể ấn định doanh thu theo phương pháp suy luận.

👉 Xem thêm: Doanh nghiệp bị treo mã số thuế tại Hưng Yên – Nguyên nhân và cách khôi phục nhanh

VII. DÒNG TIỀN – NGÂN HÀNG – VÍ ĐIỆN TỬ – CỔNG THANH TOÁN

Đây là khu vực rủi ro lớn nhất hiện nay.

1. Đối chiếu dòng tiền

Cơ quan thuế có thể:

• Yêu cầu sao kê ngân hàng;

• Phân tích dòng tiền ví điện tử;

• Đối chiếu cổng thanh toán quốc tế;

• So sánh với doanh thu kê khai.

Nếu:

• Doanh thu theo sao kê cao hơn doanh thu khai báo;

• Có dòng tiền cá nhân xen lẫn doanh nghiệp;

nguy cơ ấn định thuế rất cao.

2. Thanh toán xuyên biên giới

Với TMĐT xuyên biên giới:

• Phải xác định bản chất giao dịch;

• Phải xử lý tỷ giá;

• Có thể phát sinh thuế nhà thầu.

Sai sót thường thấy là không phân loại đúng bản chất giao dịch, dẫn tới áp dụng sai chính sách thuế.

Ảnh 2: Kiểm tra dòng tiền thương mại điện tử – Công ty Luật TLK – Hotline 097.211.8764 / 0969.760.195

VIII. RỦI RO ẤN ĐỊNH THUẾ VÀ KHUNG XỬ PHẠT

Khi cơ quan thuế không chấp nhận số liệu doanh nghiệp cung cấp, họ có thể:

1. Ấn định doanh thu;

2. Ấn định tỷ suất lợi nhuận;

3. Truy thu thuế nhiều năm.

1. Truy thu thuế

Nếu kê khai thiếu:

• Bị truy thu toàn bộ số thuế thiếu;

• Tính tiền chậm nộp theo quy định.

2. Xử phạt vi phạm hành chính

Có thể bị:

• Phạt % trên số thuế thiếu;

• Phạt do khai sai;

• Phạt do không lập hóa đơn đúng thời điểm.

3. Nguy cơ bị chuyển hồ sơ nếu có dấu hiệu gian lận

Nếu có dấu hiệu:

• Che giấu doanh thu lớn;

• Sử dụng tài khoản cá nhân để né thuế;

• Lập hệ thống 2 sổ;

mức độ rủi ro tăng rất cao.

👉 Xem thêm: Đóng mã số thuế trọn gói – TLK thực hiện toàn bộ thủ tục

IX. THANH TRA CHUYÊN ĐỀ THƯƠNG MẠI ĐIỆN TỬ

Trong 2–3 năm gần đây, TMĐT là một trong những lĩnh vực được đưa vào diện thanh tra chuyên đề.

Các dấu hiệu thường bị đưa vào danh sách kiểm tra:

1. Doanh thu lớn nhưng thuế nộp thấp;

2. Chênh lệch giữa dữ liệu sàn và tờ khai;

3. Giao dịch xuyên biên giới tăng đột biến;

4. Thường xuyên khai lỗ.

Thanh tra TMĐT thường không chỉ kiểm tra một năm, mà rà soát 3–5 năm gần nhất.

Ảnh 3: Thanh tra thuế thương mại điện tử – Công ty Luật TLK – 097.211.8764 / 0969.760.195

X. KIỂM TRA THUẾ 360° – GIẢI PHÁP HỆ SINH THÁI TLK

Khác với việc chỉ rà soát sổ sách, hệ sinh thái TLK triển khai mô hình kiểm tra 360°:

1. Kiểm tra pháp lý

• Ngành nghề kinh doanh;

• Điều kiện hoạt động TMĐT;

• Hợp đồng với sàn và đối tác.

2. Kiểm tra kế toán – thuế

• Đối chiếu dữ liệu sàn – ngân hàng – sổ cái;

• Rà soát tờ khai VAT, TNDN;

• Phát hiện sai lệch tiềm ẩn.

3. Đánh giá rủi ro thanh tra

• Phân tích khả năng bị ấn định thuế;

• Dự báo mức truy thu giả định;

• Xây dựng phương án xử lý trước khi thanh tra.

Điểm khác biệt cốt lõi của TLK:

• Công ty Luật TLK xử lý khung pháp lý – tranh tụng – khiếu nại;

• TLK Global xử lý dữ liệu – đại lý thuế – kê khai;

• Tạo thành một hệ sinh thái bảo vệ hai lớp.

👉 Xem thêm: Rà soát sổ sách kế toán tại Bắc Ninh – Phòng ngừa truy thu thuế

XI. CÁC CÂU HỎI THƯỜNG GẶP CỦA DOANH NGHIỆP TMĐT

1. Doanh nghiệp bán hàng qua sàn thương mại điện tử có phải xuất hóa đơn không?
Có. Nghĩa vụ lập hóa đơn thuộc về doanh nghiệp, không phụ thuộc việc sàn đã thu hộ tiền hay chưa. Việc chậm lập hoặc không lập hóa đơn đúng thời điểm là rủi ro phổ biến dẫn đến xử phạt và truy thu.

2. Sàn đã khấu trừ một phần thuế thì doanh nghiệp có cần kê khai nữa không?
Có. Nghĩa vụ kê khai và quyết toán vẫn thuộc về người nộp thuế. Doanh nghiệp phải đối chiếu số liệu sàn khấu trừ với tờ khai thuế của mình để tránh chênh lệch.

3. Nếu trước đây chưa kê khai đầy đủ doanh thu online thì xử lý thế nào?
Nên chủ động rà soát và khai bổ sung trước khi cơ quan thuế thanh tra. Việc tự điều chỉnh thường giúp giảm đáng kể mức xử phạt so với khi bị phát hiện.

4. Doanh thu qua ví điện tử hoặc tài khoản cá nhân có bị kiểm tra không?
Có. Cơ quan thuế có thể yêu cầu đối chiếu sao kê ngân hàng và dữ liệu thanh toán. Dòng tiền cá nhân sử dụng cho hoạt động kinh doanh là một dấu hiệu rủi ro cao.

5. Hoa hồng sàn và chi phí quảng cáo có được tính chi phí hợp lý không?
Có, nếu có hợp đồng, chứng từ hợp lệ và thanh toán không dùng tiền mặt theo quy định. Nếu thiếu chứng từ, khoản chi có thể bị loại khi quyết toán.

6. Bán hàng xuyên biên giới có được áp dụng thuế suất 0% không?
Chỉ khi đáp ứng đầy đủ điều kiện theo pháp luật thuế giá trị gia tăng. Việc áp dụng sai thuế suất có thể dẫn đến truy thu toàn bộ phần chênh lệch.

7. Nếu bị ấn định thuế thì có thể khiếu nại không?
Có. Doanh nghiệp có quyền giải trình, cung cấp chứng cứ và khiếu nại theo trình tự pháp luật. Tuy nhiên, việc chuẩn bị hồ sơ từ trước khi thanh tra sẽ có lợi hơn nhiều.

8. Thanh tra chuyên đề TMĐT thường kiểm tra những gì?
Thường tập trung vào: đối chiếu doanh thu sàn – ngân hàng – tờ khai; thời điểm lập hóa đơn; chi phí được trừ; chênh lệch tỷ giá; nghĩa vụ thuế xuyên biên giới.

9. Kiểm tra thuế 360° trước thanh tra có thực sự cần thiết không?
Rất cần thiết. Kiểm tra trước giúp phát hiện sai sót sớm, điều chỉnh hợp pháp và xây dựng phương án phòng ngừa rủi ro.

10. Công ty Luật TLK có thể hỗ trợ toàn diện đến mức nào?
TLK không chỉ rà soát số liệu. Hệ sinh thái TLK – TLK Global thực hiện: kiểm tra pháp lý – đối chiếu dữ liệu – phân tích rủi ro – đại diện làm việc với cơ quan thuế – xây dựng cấu trúc tuân thủ dài hạn. Đây là mô hình bảo vệ hai lớp mà không phải đơn vị tư vấn thuế đơn lẻ nào cũng có thể cung cấp.

👉 Quý Khách hàng có thể tham khảo thêm thông tin về Hệ sinh thái TLK và các gói ưu đãi dịch vụ Pháp lý, Kế toán – Thuế đang được áp dụng dưới đây.

🔗 Chính sách ưu đãi dịch vụ pháp lý của Công ty Luật TLK

🔗 Chính sách ưu đãi dịch vụ Kế toán – Thuế của Công ty Tư vấn và Đại lý thuế TLK Global

🔗 Hệ sinh thái TLK: Công ty Luật TLK và Công ty Tư vấn và Đại lý Thuế TLK Global

XII. THÔNG TIN LIÊN HỆ CÔNG TY LUẬT TLK

Thương mại điện tử mở rộng quy mô kinh doanh, nhưng cũng đồng thời mở rộng phạm vi giám sát thuế. Điều tạo nên khác biệt không phải là “nộp thuế ít hay nhiều”, mà là quản trị rủi ro đúng cấu trúc ngay từ đầu.

Hệ sinh thái Công ty Luật TLK và Công ty TNHH Tư vấn Đại lý Thuế TLK Global cung cấp giải pháp kiểm tra thuế 360° dành riêng cho doanh nghiệp TMĐT: từ rà soát pháp lý, đối chiếu dữ liệu sàn – ngân hàng – kế toán, đến đại diện làm việc và bảo vệ quyền lợi hợp pháp khi thanh tra.

Nếu doanh nghiệp của bạn muốn kiểm soát rủi ro trước khi bị truy thu, hãy chủ động đánh giá toàn diện ngay từ bây giờ.

CÔNG TY LUẬT TRÁCH NHIỆM HỮU HẠN TLK

🌐 Website: tlklawfirm.vn

📧 Email: info@tlklawfirm.vn

☎ Tel: 0243.2011.747

📞 Hotline: 097.211.8764 / 0969.760.195