Ngoài các loại thuế thì cơ quan quản lý thuế còn quản lý thu các khoản thu khác thuộc ngân sách nhà nước bao gồm: phí và lệ phí theo quy định của Luật Phí và lệ phí; tiền sử dụng đất nộp ngân sách nhà nước; Tiền thuê đất, thuê mặt nước; Tiền cấp quyền khai thác khoáng sản; Tiền cấp quyền khai thác tài nguyên nước;… các khoản thu khác theo quy định của pháp luật.
Tuy nhiên một số loại thuế, khoản thu khác thuộc ngân sách nhà nước do cơ quan quản lý thuế quản lý thu thuộc loại khai theo tháng, bao gồm:
- Thuế giá trị gia tăng, thuế thu nhập cá nhân. Trường hợp người nộp thuế đáp ứng các tiêu chí theo quy định tại Điều 9 Nghị định này thì được lựa chọn khai theo quý.
- Thuế tiêu thụ đặc biệt.
- Thuế bảo vệ môi trường.
- Thuế tài nguyên, trừ thuế tài nguyên quy định tại điểm e khoản này.
- Các khoản phí, lệ phí thuộc ngân sách nhà nước (trừ phí, lệ phí do cơ quan đại diện nước cộng hoà xã hội chủ nghĩa Việt Nam ở nước ngoài thực hiện thu theo quy định; phí hải quan; lệ phí hàng hoá, hành lý, phương tiện vận tải quá cảnh).
- Đối với hoạt động khai thác, xuất bán khí thiên nhiên: Thuế tài nguyên; thuế thu nhập doanh nghiệp; thuế đặc biệt của Liên doanh Việt - Nga “Vietsovpetro” tại Lô 09.1 theo Hiệp định giữa Chính phủ Cộng hoà xã hội chủ nghĩa Việt Nam và Chính phủ Liên bang Nga ký ngày 27 tháng 12 năm 2010 về việc tiếp tục hợp tác trong lĩnh vực thăm dò địa chất và khai thác dầu khí tại thềm lục địa Cộng hoà xã hội chủ nghĩa Việt Nam trong khuôn khổ Liên doanh Việt - Nga “Vietsovpetro” (sau đây gọi là Liên doanh Vietsovpetro tại Lô 09.1); tiền lãi khí nước chủ nhà được chia.
