Ngoài các loại thuế thì cơ quan quản lý thuế còn quản lý thu các khoản thu khác thuộc ngân sách nhà nước do cơ quan quản lý thuế quản lý thu bao gồm: Phí và lệ phí theo quy định của Luật Phí và lệ phí; Tiền sử dụng đất nộp ngân sách nhà nước;...và các khoản thu khác theo quy định của pháp luật.
Tuy nhiên các loại thuế, khoản thu khác thuộc ngân sách nhà nước khai theo quý, bao gồm:
- Thuế thu nhập doanh nghiệp đối với hãng hàng không nước ngoài, tái bảo hiểm nước ngoài.
- Thuế giá trị gia tăng, thuế thu nhập doanh nghiệp, thuế thu nhập cá nhân đối với tổ chức tín dụng hoặc bên thứ ba được tổ chức tín dụng ủy quyền khai thác tài sản bảo đảm trong thời gian chờ xử lý khai thay cho người nộp thuế có tài sản bảo đảm.
- Thuế thu nhập cá nhân đối với tổ chức, cá nhân trả thu nhập thuộc diện khấu trừ thuế theo quy định của pháp luật thuế thu nhập cá nhân, mà tổ chức, cá nhân trả thu nhập đó thuộc diện khai thuế giá trị gia tăng theo quý và lựa chọn khai thuế thu nhập cá nhân theo quý; cá nhân có thu nhập từ tiền lương, tiền công trực tiếp khai thuế với cơ quan thuế và lựa chọn khai thuế thu nhập cá nhân theo quý.
- Các loại thuế, khoản thu khác thuộc ngân sách nhà nước do tổ chức, cá nhân khai thuế thay, nộp thuế thay cho cá nhân mà tổ chức, cá nhân đó thuộc diện khai thuế giá trị gia tăng theo quý và lựa chọn khai thuế thay cho cá nhân theo quý, trừ trường hợp quy định tại điểm g khoản 4 Điều này.
- Khoản phụ thu khi giá dầu thô biến động tăng (trừ hoạt động dầu khí của Liên doanh Vietsovpetro tại Lô 09.1).
