I. CĂN CỨ PHÁP LÝ ÁP DỤNG
- Luật Quản lý thuế số: 38/2019/QH14, được Quốc hội thông qua ngày 13/6/2019;
- Nghị định số: 123/2020/NĐ-CP, do Chính phủ ban hành ngày 19/10/2020, quy định về hóa đơn, chứng từ;
- Thông tư số: 78/2021/TT-BTC, do Bộ Tài chính ban hành ngày 17/9/2021, hướng dẫn thực hiện một số điều của Luật Quản lý thuế và Nghị định số 123/2020/NĐ-CP;
- Các văn bản hướng dẫn thi hành khác có liên quan còn hiệu lực.
II. NHẬN ĐỊNH PHÁP LÝ VÀ CHIẾN LƯỢC KIỂM SOÁT RỦI RO
Việc doanh nghiệp bị kiểm tra hoặc thanh tra thuế không đồng nghĩa với việc bắt buộc phải nộp báo cáo sử dụng hóa đơn, kể cả khi đang sử dụng hóa đơn điện tử. Tuy nhiên, nghĩa vụ báo cáo vẫn có thể phát sinh nếu cơ quan thuế có yêu cầu cụ thể trong quá trình kiểm tra.
Trong thực tế, rất nhiều doanh nghiệp khi nhận được quyết định kiểm tra thuế đã lúng túng với câu hỏi: “Có phải nộp báo cáo sử dụng hóa đơn không?”. Đặc biệt, với các doanh nghiệp đã chuyển sang sử dụng hóa đơn điện tử, tâm lý phổ biến là cho rằng nghĩa vụ báo cáo đã được loại bỏ hoàn toàn.
Cách hiểu này chưa đầy đủ và tiềm ẩn rủi ro. Pháp luật thuế hiện hành không quy định việc “bị kiểm tra thuế” là căn cứ tự động phát sinh nghĩa vụ nộp báo cáo sử dụng hóa đơn. Tuy nhiên, trong quá trình kiểm tra, cơ quan thuế có quyền yêu cầu người nộp thuế cung cấp dữ liệu, bảng kê hoặc báo cáo tổng hợp liên quan đến hóa đơn để phục vụ công tác quản lý.
Nếu doanh nghiệp không nắm rõ ranh giới giữa:
- Nghĩa vụ báo cáo định kỳ (đã được bãi bỏ trong điều kiện thông thường); và
- Nghĩa vụ cung cấp báo cáo, dữ liệu theo yêu cầu kiểm tra;
thì rất dễ rơi vào tình trạng chủ quan – chậm phản hồi – bị xử phạt không đáng có.
👉 Xem thêm: Có phải nộp báo cáo sử dụng hóa đơn khi dùng hóa đơn điện tử không?
Liên hệ ngay Công ty Luật TLK để được rà soát nghĩa vụ và chuẩn bị hồ sơ an toàn trước khi làm việc với cơ quan thuế – Hotline 097.211.8764.
III. PHÂN BIỆT: KIỂM TRA THUẾ – THANH TRA THUẾ – HẬU KIỂM
Trước khi xác định nghĩa vụ báo cáo hóa đơn, doanh nghiệp cần hiểu rõ bản chất pháp lý của từng hình thức làm việc với cơ quan thuế, bởi mỗi hình thức có phạm vi và yêu cầu hồ sơ khác nhau.
1. Kiểm tra thuế
Kiểm tra thuế thường được thực hiện:
- Theo kế hoạch quản lý rủi ro của cơ quan thuế; hoặc
- Khi phát sinh dấu hiệu cần đối chiếu, xác minh dữ liệu.
Trong kiểm tra thuế, cơ quan thuế chủ yếu yêu cầu:
- Hồ sơ kê khai;
- Dữ liệu kế toán – hóa đơn;
- Giải trình số liệu khi có chênh lệch.
Lưu ý quan trọng: kiểm tra thuế không mặc nhiên yêu cầu nộp báo cáo sử dụng hóa đơn, nhưng doanh nghiệp phải cung cấp dữ liệu hóa đơn nếu được yêu cầu.
2. Thanh tra thuế
Thanh tra thuế có phạm vi sâu và rộng hơn kiểm tra thuế, thường áp dụng khi:
- Doanh nghiệp bị xếp loại rủi ro cao;
- Có dấu hiệu vi phạm nghiêm trọng về thuế.
Trong quá trình thanh tra, cơ quan thuế có thể yêu cầu:
- Báo cáo tổng hợp tình hình sử dụng hóa đơn;
- Bảng kê chi tiết hóa đơn theo từng kỳ;
- Dữ liệu điện tử phục vụ đối chiếu chuyên sâu.
3. Hậu kiểm thuế
Hậu kiểm thường phát sinh sau khi:
- Doanh nghiệp hoàn thuế;
- Doanh nghiệp có biến động lớn về doanh thu, chi phí.
Hậu kiểm tập trung vào tính trung thực của dữ liệu đã kê khai, do đó yêu cầu về hóa đơn và báo cáo dữ liệu thường rất cụ thể.

Ảnh 1: Phân biệt kiểm tra thuế và nghĩa vụ báo cáo hóa đơn điện tử – Hotline 097.211.8764 / 0969.760.195
👉 Xem thêm: Doanh nghiệp không nộp báo cáo hóa đơn điện tử có bị phạt không?
IV. KHI KIỂM TRA, THANH TRA THUẾ, DOANH NGHIỆP CÓ PHẢI NỘP BÁO CÁO SỬ DỤNG HÓA ĐƠN KHÔNG?
Sau khi hiểu rõ sự khác biệt giữa kiểm tra thuế, thanh tra thuế và hậu kiểm, vấn đề cốt lõi mà doanh nghiệp quan tâm là: nghĩa vụ báo cáo sử dụng hóa đơn phát sinh trong hoàn cảnh nào.
Về nguyên tắc, pháp luật không quy định việc bị kiểm tra hoặc thanh tra thuế là căn cứ tự động phát sinh nghĩa vụ nộp báo cáo sử dụng hóa đơn, đặc biệt trong trường hợp doanh nghiệp đang sử dụng hóa đơn điện tử đúng quy định. Tuy nhiên, trong quá trình kiểm tra, thanh tra, cơ quan thuế có quyền yêu cầu người nộp thuế cung cấp các tài liệu, dữ liệu và báo cáo cần thiết để phục vụ công tác quản lý.
Nói cách khác, nghĩa vụ báo cáo trong giai đoạn này không mang tính định kỳ, mà phát sinh theo yêu cầu cụ thể, gắn với từng nội dung kiểm tra.
1. Trường hợp kiểm tra thuế tại trụ sở người nộp thuế
Khi thực hiện kiểm tra thuế tại trụ sở doanh nghiệp, cơ quan thuế thường tập trung vào:
- Đối chiếu số liệu kê khai thuế với dữ liệu hóa đơn điện tử;
- Xác minh tính đầy đủ, chính xác của doanh thu, chi phí;
- Kiểm tra tỷ lệ hủy, điều chỉnh, thay thế hóa đơn.
Trong trường hợp này, doanh nghiệp không phải chủ động nộp báo cáo sử dụng hóa đơn, nhưng bắt buộc phải cung cấp dữ liệu hoặc bảng tổng hợp hóa đơn nếu đoàn kiểm tra yêu cầu. Việc không cung cấp, hoặc cung cấp không đúng thời hạn, có thể bị coi là không chấp hành yêu cầu của cơ quan thuế.
👉 Xem thêm: Khi nào cơ quan thuế yêu cầu giải trình hóa đơn điện tử?
2. Trường hợp thanh tra thuế theo quyết định của cơ quan thuế
Thanh tra thuế có phạm vi rộng và chiều sâu lớn hơn kiểm tra thuế thông thường. Trong quá trình thanh tra, cơ quan thuế có thể yêu cầu doanh nghiệp:
- Lập báo cáo tổng hợp tình hình sử dụng hóa đơn theo kỳ;
- Cung cấp bảng kê chi tiết hóa đơn đầu ra, đầu vào;
- Trích xuất dữ liệu hóa đơn điện tử để phục vụ đối chiếu chuyên sâu.
Trong trường hợp này, báo cáo sử dụng hóa đơn không còn là lựa chọn, mà trở thành nghĩa vụ bắt buộc theo yêu cầu của đoàn thanh tra. Nếu doanh nghiệp nhầm lẫn rằng “đã dùng hóa đơn điện tử thì không cần báo cáo”, rủi ro bị xử phạt là rất lớn.
Từ kinh nghiệm thực tiễn, Công ty Luật TLK nhận thấy nhiều doanh nghiệp bị kéo dài thời gian thanh tra chỉ vì không chuẩn bị sẵn dữ liệu hóa đơn theo cấu trúc mà cơ quan thuế yêu cầu.
3. Trường hợp hậu kiểm sau hoàn thuế hoặc sau ưu đãi thuế
Hậu kiểm là giai đoạn cơ quan thuế đánh giá lại tính chính xác của hồ sơ đã được giải quyết trước đó. Trong hậu kiểm:
- Hóa đơn điện tử là căn cứ trọng yếu để xác minh doanh thu, chi phí;
- Cơ quan thuế thường yêu cầu báo cáo tổng hợp và giải trình chi tiết.
Ở giai đoạn này, việc cung cấp báo cáo hóa đơn không chỉ mang tính thủ tục, mà ảnh hưởng trực tiếp đến kết luận hậu kiểm và khả năng bị truy thu thuế.

Ảnh 2: Kiểm tra thuế và yêu cầu báo cáo hóa đơn điện tử – Hotline 097.211.8764 / 0969.760.195
V. TRƯỜNG HỢP CƠ QUAN THUẾ YÊU CẦU BÁO CÁO HÓA ĐƠN TRONG QUÁ TRÌNH KIỂM TRA
Trong thực tiễn quản lý thuế, yêu cầu báo cáo hóa đơn thường phát sinh trong các tình huống sau:
- Doanh thu biến động bất thường giữa các kỳ;
- Tỷ lệ hóa đơn hủy, thay thế cao;
- Chênh lệch giữa dữ liệu hóa đơn và tờ khai thuế;
- Doanh nghiệp thuộc diện rủi ro cao theo hệ thống đánh giá của cơ quan thuế.
Khi nhận được yêu cầu, doanh nghiệp cần lưu ý:
- Yêu cầu báo cáo thường có thời hạn rất ngắn;
- Nội dung báo cáo cần đúng định dạng, đúng phạm vi;
- Việc chậm trễ hoặc cung cấp thiếu dữ liệu có thể bị xử phạt.
👉 Xem thêm: Xử lý hóa đơn điện tử sai sót: điều chỉnh, thay thế hay hủy?
VI. RỦI RO PHÁP LÝ VÀ MỨC PHẠT NẾU KHÔNG NỘP BÁO CÁO HÓA ĐƠN THEO YÊU CẦU KIỂM TRA
Trong thực tế, phần lớn các quyết định xử phạt liên quan đến hóa đơn điện tử không xuất phát từ hành vi gian lận, mà đến từ việc doanh nghiệp không hiểu đúng nghĩa vụ phát sinh trong quá trình kiểm tra, thanh tra thuế.
Các rủi ro pháp lý thường gặp gồm:
- Không nộp báo cáo hoặc bảng tổng hợp hóa đơn theo đúng yêu cầu và thời hạn ghi trong văn bản của cơ quan thuế;
- Cung cấp dữ liệu hóa đơn không đầy đủ, không đúng định dạng, gây khó khăn cho việc đối chiếu;
- Chậm phản hồi yêu cầu giải trình, dẫn tới bị đánh giá là không hợp tác.
Hệ quả không chỉ dừng lại ở mức xử phạt hành chính, mà còn có thể dẫn đến:
- Doanh nghiệp bị xếp vào nhóm rủi ro cao về thuế;
- Gia tăng tần suất kiểm tra trong các kỳ tiếp theo;
- Kéo dài thời gian thanh tra, gây gián đoạn hoạt động kinh doanh.
👉 Xem thêm: Mức phạt vi phạm hóa đơn điện tử mới nhất cho doanh nghiệp
VII. KINH NGHIỆM THỰC TIỄN XỬ LÝ HỒ SƠ KIỂM TRA, THANH TRA THUẾ TẠI CÔNG TY LUẬT TLK
Từ kinh nghiệm trực tiếp làm việc với nhiều đoàn kiểm tra, thanh tra thuế, Công ty Luật TLK rút ra một số điểm then chốt:
- Doanh nghiệp không nên chờ đến khi bị yêu cầu mới tổng hợp dữ liệu hóa đơn, mà cần chuẩn hóa dữ liệu ngay từ đầu;
- Cách trình bày báo cáo, bảng kê hóa đơn ảnh hưởng trực tiếp đến thái độ và đánh giá của đoàn kiểm tra;
- Việc phản hồi đúng hạn – đúng trọng tâm – đúng phạm vi yêu cầu giúp rút ngắn đáng kể thời gian kiểm tra.
Thực tiễn cho thấy, các doanh nghiệp có sự chuẩn bị pháp lý bài bản thường:
- Ít bị yêu cầu bổ sung nhiều lần;
- Giảm thiểu nguy cơ bị áp dụng biện pháp quản lý chặt;
- Hạn chế phát sinh tranh luận không cần thiết với cơ quan thuế.
VIII. CÁC CÂU HỎI THƯỜNG GẶP CỦA KHÁCH HÀNG
1. Bị kiểm tra thuế có bắt buộc nộp báo cáo sử dụng hóa đơn không?
Không tự động bắt buộc. Nghĩa vụ báo cáo chỉ phát sinh khi cơ quan thuế có yêu cầu cụ thể trong quá trình kiểm tra hoặc thanh tra.
2. Dùng hóa đơn điện tử có được miễn hoàn toàn nghĩa vụ báo cáo không?
Không. Doanh nghiệp được miễn báo cáo định kỳ, nhưng vẫn phải cung cấp báo cáo hoặc dữ liệu khi có yêu cầu hợp pháp.
3. Không nộp báo cáo theo yêu cầu kiểm tra có bị phạt không?
Có thể bị xử phạt do không chấp hành yêu cầu của cơ quan thuế, tùy mức độ và hậu quả.
4. Kiểm tra thuế và thanh tra thuế khác nhau thế nào về yêu cầu báo cáo hóa đơn?
Thanh tra thuế thường yêu cầu dữ liệu và báo cáo chi tiết, phạm vi rộng hơn kiểm tra thuế thông thường.
5. Doanh nghiệp nhỏ có bị yêu cầu báo cáo hóa đơn không?
Quy mô không quyết định. Quan trọng là mức độ rủi ro và dữ liệu phát sinh trong từng kỳ thuế.
6. Khi nào doanh nghiệp nên chủ động chuẩn bị báo cáo hóa đơn?
Khi có biến động lớn về doanh thu, tỷ lệ hủy hóa đơn cao hoặc trước kỳ kiểm tra thuế.
7. Không lưu trữ đầy đủ dữ liệu hóa đơn điện tử có rủi ro gì?
Có thể không đáp ứng được yêu cầu giải trình, dẫn đến xử phạt hoặc kéo dài thời gian kiểm tra.
8. Có cần thuê đơn vị pháp lý hỗ trợ khi bị kiểm tra thuế không?
Với doanh nghiệp có dữ liệu phức tạp hoặc từng bị xử phạt, việc có đơn vị pháp lý đồng hành là rất cần thiết.
9. Báo cáo hóa đơn có phải nộp theo mẫu cố định không?
Tùy từng yêu cầu cụ thể của cơ quan thuế, không áp dụng một mẫu duy nhất cho mọi trường hợp.
10. Công ty Luật TLK hỗ trợ những nội dung gì khi doanh nghiệp bị kiểm tra thuế?
TLK hỗ trợ rà soát nghĩa vụ, chuẩn hóa dữ liệu hóa đơn, đại diện làm việc với cơ quan thuế và xử lý rủi ro phát sinh.
👉 Quý Khách hàng có thể tham khảo thêm thông tin về Hệ sinh thái TLK và các gói ưu đãi dịch vụ Pháp lý, Kế toán – Thuế đang được áp dụng dưới đây.
🔗 Chính sách ưu đãi dịch vụ pháp lý của Công ty Luật TLK
🔗 Chính sách ưu đãi dịch vụ Kế toán – Thuế của Công ty Tư vấn và Đại lý thuế TLK Global
🔗 Hệ sinh thái TLK: Công ty Luật TLK và Công ty Tư vấn và Đại lý Thuế TLK Global
IX. THÔNG TIN LIÊN HỆ CÔNG TY LUẬT TLK
Việc bị kiểm tra, thanh tra thuế là tình huống doanh nghiệp khó tránh khỏi trong quá trình hoạt động. Điều quan trọng không phải là lo lắng, mà là chuẩn bị đúng – đủ – kịp thời để kiểm soát rủi ro pháp lý. Nếu doanh nghiệp cần một lộ trình tuân thủ an toàn hoặc hỗ trợ trực tiếp khi làm việc với cơ quan thuế, Công ty Luật TLK luôn sẵn sàng đồng hành
CÔNG TY LUẬT TLK
🌐 Website: https://tlklawfirm.vn
📧 Email: info@tlklawfirm.vn
☎ Tel: 0243.2011.747
📞 Hotline: 097.211.8764 / 0969.760.195











