Các loại thuế doanh nghiệp phải nộp trong quá trình hoạt động

I. CĂN CỨ PHÁP LÝ

1. Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp số 67/2025/QH15 do Quốc hội ban hành ngày 14/06/2025;

2. Luật Thuế giá trị gia tăng số 48/2024/QH15 do Quốc hội ban hành ngày 26/11/2024;

3. Luật Thuế thu nhập cá nhân số 109/2025/QH15 do Quốc hội ban hành ngày 10/12/2025, có hiệu lực thi hành từ ngày 01/07/2026;

4. Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14 do Quốc hội ban hành ngày 13/06/2019;

5. Nghị định số 126/2020/NĐ-CP do Chính phủ ban hành ngày 19/10/2020, quy định chi tiết một số điều của Luật Quản lý thuế;

6. Các văn bản hướng dẫn thi hành khác có liên quan còn hiệu lực tại thời điểm áp dụng.

II. NHẬN ĐỊNH PHÁP LÝ VÀ CHIẾN LƯỢC KIỂM SOÁT RỦI RO

Thực tiễn cho thấy, càng đi vào hoạt động ổn định, doanh nghiệp càng dễ phát sinh sai sót thuế mang tính hệ thống, đặc biệt khi mở rộng quy mô, tuyển dụng lao động hoặc phát sinh giao dịch mới. Nhiều doanh nghiệp chỉ phát hiện rủi ro khi đã bị thanh tra, kiểm tra thuế, lúc này chi phí xử lý thường rất lớn.

Bài viết này làm rõ các loại thuế doanh nghiệp phải nộp trong quá trình hoạt động kinh doanh, phân tích theo từng nhóm nghĩa vụ gắn với hoạt động thực tế, dựa trên kinh nghiệm tư vấn và xử lý hồ sơ của Công ty Luật TLK.

III. THUẾ PHÁT SINH GẮN VỚI HOẠT ĐỘNG BÁN HÀNG, CUNG ỨNG DỊCH VỤ

Khi doanh nghiệp bắt đầu phát sinh hoạt động bán hàng hoặc cung ứng dịch vụ, nghĩa vụ thuế không chỉ gắn với doanh thu, mà còn liên quan trực tiếp đến hóa đơn, thời điểm ghi nhận và phương pháp kê khai.

1. Thuế giá trị gia tăng

Thuế giá trị gia tăng là loại thuế phát sinh phổ biến nhất trong quá trình hoạt động. Doanh nghiệp phải:

• Kê khai thuế giá trị gia tăng theo phương pháp đã đăng ký;

• Thực hiện kê khai theo tháng hoặc theo quý;

• Quản lý chặt chẽ hóa đơn đầu ra, đầu vào.

Sai sót thường gặp là kê khai sai thời điểm, sử dụng hóa đơn không hợp lệ hoặc bỏ sót hóa đơn, dẫn đến rủi ro bị truy thu thuế và xử phạt.

2. Thuế thu nhập doanh nghiệp

Thuế thu nhập doanh nghiệp phát sinh trên cơ sở thu nhập chịu thuế, được xác định từ:

• Doanh thu bán hàng, cung ứng dịch vụ;

• Trừ đi các khoản chi phí được trừ theo quy định.

Trong thực tiễn, rủi ro lớn nhất của thuế thu nhập doanh nghiệp không nằm ở doanh thu, mà nằm ở chi phí không đủ điều kiện, dễ bị cơ quan thuế loại khi quyết toán.

👉 Xem thêm: Thời điểm phát sinh nghĩa vụ thuế của doanh nghiệp từ A–Z

IV. THUẾ PHÁT SINH GẮN VỚI LAO ĐỘNG VÀ TIỀN LƯƠNG

Khi doanh nghiệp sử dụng lao động, nghĩa vụ thuế phát sinh song song với nghĩa vụ về bảo hiểm và tiền lương. Đây là nhóm nghĩa vụ dễ bị bỏ sót, đặc biệt với doanh nghiệp vừa và nhỏ.

1. Thuế thu nhập cá nhân

Doanh nghiệp có trách nhiệm:

• Khấu trừ thuế thu nhập cá nhân khi chi trả thu nhập;

• Kê khai và nộp thuế thay cho người lao động;

• Thực hiện quyết toán thuế thu nhập cá nhân theo năm.

Rủi ro phổ biến là không khấu trừ đúng, không kê khai đầy đủ, dẫn đến bị truy thu thuế thu nhập cá nhân khi thanh tra.

2. Nghĩa vụ kê khai liên quan khác

Ngoài thuế thu nhập cá nhân, doanh nghiệp còn phải thực hiện:

• Báo cáo sử dụng lao động;

• Nghĩa vụ liên quan đến bảo hiểm bắt buộc (liên quan trực tiếp đến chi phí thuế).

👉 Xem thêm: Doanh nghiệp bị lỗ có phải nộp thuế không?

Ảnh 1: Các loại thuế doanh nghiệp phải nộp trong quá trình hoạt động – Hotline 097.211.8764/ 0969.760.195

V. THUẾ PHÁT SINH THEO NGÀNH NGHỀ, LĨNH VỰC KINH DOANH

Sau khi doanh nghiệp đi vào vận hành ổn định, ngoài các sắc thuế phổ thông, nghĩa vụ thuế còn phát sinh theo từng ngành nghề cụ thể. Đây là nhóm nghĩa vụ dễ bị bỏ sót nhất, bởi nhiều doanh nghiệp cho rằng chỉ cần nộp thuế giá trị gia tăng và thuế thu nhập doanh nghiệp là đủ.

1. Thuế tiêu thụ đặc biệt

Doanh nghiệp hoạt động trong các lĩnh vực như:

• Sản xuất, kinh doanh rượu, bia;

• Thuốc lá;

• Kinh doanh dịch vụ giải trí có điều kiện;

• Một số loại hàng hóa, dịch vụ đặc thù khác,

phải thực hiện nghĩa vụ thuế tiêu thụ đặc biệt song song với các sắc thuế khác. Trên thực tế, nhiều doanh nghiệp xác định sai đối tượng chịu thuế, dẫn đến kê khai thiếu trong thời gian dài và bị truy thu lớn khi thanh tra.

2. Thuế tài nguyên, phí bảo vệ môi trường

Đối với doanh nghiệp:

• Khai thác khoáng sản;

• Khai thác tài nguyên thiên nhiên;

• Hoạt động sản xuất gây tác động môi trường,

nghĩa vụ thuế không dừng lại ở thuế thu nhập doanh nghiệp mà còn phát sinh:

• Thuế tài nguyên;

• Phí bảo vệ môi trường;

• Các khoản phí, lệ phí chuyên ngành khác.

Sai sót thường gặp là không cập nhật đầy đủ nghĩa vụ phát sinh khi mở rộng hoạt động, đặc biệt khi thay đổi quy mô hoặc địa bàn kinh doanh.

3. Thuế xuất khẩu, thuế nhập khẩu

Với doanh nghiệp có hoạt động xuất nhập khẩu, nghĩa vụ thuế phát sinh liên tục tại khâu thông quan, bao gồm:

• Thuế nhập khẩu;

• Thuế xuất khẩu;

• Thuế giá trị gia tăng khâu nhập khẩu.

Trong thực tiễn, rủi ro lớn nhất không nằm ở mức thuế suất, mà nằm ở mã hàng hóa, trị giá tính thuế và xuất xứ hàng hóa, dễ bị cơ quan hải quan ấn định lại.

👉 Xem thêm: Doanh nghiệp có chi phí nhưng chưa có doanh thu có phải nộp thuế không?

VI. HỒ SƠ BỊ THANH TRA, KIỂM TRA THUẾ VÀ CÁCH CÔNG TY LUẬT TLK XỬ LÝ

Trong quá trình hoạt động, doanh nghiệp không tránh khỏi việc bị thanh tra, kiểm tra thuế. Tuy nhiên, mức độ rủi ro phụ thuộc rất lớn vào chất lượng quản trị thuế trước đó.

1. Nhóm hồ sơ thường bị soi kỹ

Từ thực tiễn xử lý, Công ty Luật TLK nhận thấy các nhóm hồ sơ sau thường xuyên bị kiểm tra:

• Hồ sơ quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp;

• Hồ sơ khấu trừ và quyết toán thuế thu nhập cá nhân;

• Hồ sơ hoàn thuế giá trị gia tăng;

• Hồ sơ chi phí có giá trị lớn, chi phí dịch vụ, chi phí liên kết.

Các hồ sơ này nếu không được chuẩn hóa từ đầu sẽ trở thành điểm rủi ro trọng yếu khi cơ quan thuế tiến hành thanh tra.

2. Hồ sơ bị từ chối và cách Công ty Luật TLK xử lý

Không ít doanh nghiệp chỉ tìm đến tư vấn khi đã:

• Bị ấn định thuế;

• Bị truy thu và xử phạt;

• Bị bác bỏ chi phí hoặc hoàn thuế.

Trong các trường hợp này, Công ty Luật TLK không chỉ dừng ở việc giải trình hồ sơ, mà tập trung:

• Rà soát lại toàn bộ nghĩa vụ thuế liên quan;

• Đánh giá tính hợp lệ của từng nhóm chứng từ;

• Làm việc trực tiếp với cơ quan thuế theo đúng trình tự pháp luật;

• Giảm thiểu mức truy thu và tiền phạt trong phạm vi pháp luật cho phép.

👉 Xem thêm: Doanh nghiệp không phát sinh doanh thu có phải nộp thuế không?

VII. LỖI THƯỜNG GẶP – RỦI RO – MỨC PHẠT TRONG QUÁ TRÌNH HOẠT ĐỘNG

Ở giai đoạn hoạt động, rủi ro thuế thường mang tính hệ thống, không phải lỗi đơn lẻ. Một số lỗi phổ biến gồm:

• Kê khai sai thời điểm ghi nhận doanh thu;

• Hạch toán chi phí không đủ điều kiện;

• Không khấu trừ thuế thu nhập cá nhân đúng quy định;

• Bỏ sót nghĩa vụ thuế theo ngành nghề;

• Không cập nhật thay đổi pháp luật thuế.

Hệ quả không chỉ là tiền thuế bị truy thu, mà còn bao gồm:

• Tiền chậm nộp;

• Tiền phạt vi phạm hành chính;

• Ảnh hưởng trực tiếp đến dòng tiền và uy tín doanh nghiệp.

👉 Xem thêm: Doanh nghiệp phải nộp những loại thuế nào trong suốt vòng đời hoạt động?

Ảnh 2: Thuế doanh nghiệp theo ngành nghề kinh doanh – Hotline 097.211.8764/ 0969.760.195

VIII. LỢI ÍCH KHI QUẢN TRỊ THUẾ XUYÊN SUỐT CÙNG CÔNG TY LUẬT TLK

Trong quá trình hoạt động kinh doanh, nghĩa vụ thuế không phát sinh rời rạc mà liên kết chặt chẽ theo dòng đời của doanh nghiệp. Việc chỉ xử lý thuế theo từng kỳ riêng lẻ khiến nhiều doanh nghiệp không nhận diện được rủi ro tiềm ẩn, đặc biệt khi mở rộng quy mô hoặc thay đổi mô hình hoạt động.

Khi đồng hành cùng Công ty Luật TLK, doanh nghiệp được:

• Rà soát toàn bộ nghĩa vụ thuế theo từng giai đoạn hoạt động;

• Phát hiện sớm các rủi ro thuế mang tính hệ thống;

• Chủ động điều chỉnh hồ sơ kế toán – thuế trước khi bị thanh tra;

• Giảm thiểu nguy cơ truy thu, xử phạt và tiền chậm nộp.

Đây là lợi thế khác biệt giữa quản trị thuế chủ động và xử lý thuế bị động.

IX. QUY TRÌNH CÔNG TY LUẬT TLK HỖ TRỢ DOANH NGHIỆP

Từ kinh nghiệm thực tiễn, Công ty Luật TLK xây dựng quy trình hỗ trợ thuế xuyên suốt gồm:

1. Tiếp nhận thông tin hoạt động và mô hình kinh doanh của doanh nghiệp;

2. Rà soát nghĩa vụ thuế theo doanh thu, chi phí, lao động và ngành nghề;

3. Đánh giá mức độ rủi ro và khả năng bị thanh tra, kiểm tra;

4. Đề xuất phương án điều chỉnh hồ sơ thuế phù hợp pháp luật;

5. Đại diện làm việc với cơ quan thuế khi phát sinh vướng mắc hoặc thanh tra.

X. CAM KẾT CỦA CÔNG TY LUẬT TLK

Công ty Luật TLK cam kết:

• Thời gian: Rà soát nhanh – xử lý đúng trọng tâm;

• Chi phí: Minh bạch – phù hợp từng quy mô doanh nghiệp;

• Bảo mật: Tuyệt đối thông tin tài chính – thuế;

• Hiệu quả: Hướng tới giảm thiểu rủi ro và chi phí thuế hợp pháp.

XI. CÁC CÂU HỎI THƯỜNG GẶP CỦA KHÁCH HÀNG

1. Doanh nghiệp đang hoạt động ổn định có cần rà soát thuế định kỳ không?
Có. Việc rà soát định kỳ giúp phát hiện sớm sai sót trước khi bị thanh tra, kiểm tra thuế.

2. Doanh nghiệp không phát sinh doanh thu có phải kê khai thuế không?
Có. Nếu chưa làm thủ tục tạm ngừng hợp lệ, doanh nghiệp vẫn phải kê khai thuế theo quy định.

3. Khi mở rộng ngành nghề, doanh nghiệp có phát sinh thêm thuế không?
Có thể. Một số ngành nghề làm phát sinh thêm nghĩa vụ thuế hoặc phí chuyên ngành.

4. Doanh nghiệp bị lỗ nhiều năm có bị thanh tra thuế không?
Có. Doanh nghiệp lỗ kéo dài là một trong các dấu hiệu rủi ro bị cơ quan thuế kiểm tra.

5. Không quyết toán thuế thu nhập doanh nghiệp có hậu quả gì?
Doanh nghiệp có thể bị truy thu thuế, phạt vi phạm và tiền chậm nộp.

6. Thuế thu nhập cá nhân do ai chịu trách nhiệm kê khai?
Doanh nghiệp có trách nhiệm khấu trừ, kê khai và nộp thay cho người lao động.

7. Doanh nghiệp xuất nhập khẩu thường gặp rủi ro thuế ở khâu nào?
Rủi ro thường phát sinh ở mã hàng hóa, trị giá tính thuế và xuất xứ.

8. Khi bị truy thu thuế, doanh nghiệp có quyền giải trình không?
Có. Doanh nghiệp có quyền giải trình và khiếu nại nếu có căn cứ pháp lý phù hợp.

9. Công ty Luật TLK có hỗ trợ làm việc với cơ quan thuế không?
Có. Công ty Luật TLK đại diện doanh nghiệp làm việc trực tiếp với cơ quan thuế.

10. Khi nào doanh nghiệp nên sử dụng dịch vụ tư vấn thuế chuyên sâu?
Ngay khi doanh nghiệp mở rộng hoạt động, thay đổi mô hình hoặc chuẩn bị quyết toán lớn.

👉 Quý Khách hàng có thể tham khảo thêm thông tin về Hệ sinh thái TLK và các gói ưu đãi dịch vụ Pháp lý, Kế toán – Thuế đang được áp dụng dưới đây.

🔗 Chính sách ưu đãi dịch vụ pháp lý của Công ty Luật TLK

🔗 Chính sách ưu đãi dịch vụ Kế toán – Thuế của Công ty Tư vấn và Đại lý thuế TLK Global

🔗 Hệ sinh thái TLK: Công ty Luật TLK và Công ty Tư vấn và Đại lý Thuế TLK Global

XII. THÔNG TIN LIÊN HỆ CÔNG TY LUẬT TLK

Quản trị thuế hiệu quả không chỉ là tuân thủ, mà còn là công cụ bảo vệ dòng tiền và sự phát triển bền vững của doanh nghiệp. Nếu doanh nghiệp của bạn đang hoạt động và có nhu cầu rà soát nghĩa vụ thuế toàn diện, hãy kết nối với đội ngũ luật sư và chuyên gia của Công ty Luật TLK để được hỗ trợ kịp thời và đúng trọng tâm.

CÔNG TY LUẬT TLK

🌐 Website: tlklawfirm.vn

📧 Email: info@tlklawfirm.vn

☎ Tel: 0243.2011.747

📞Hotline: 097.211.8764 / 0969.760.195