Kê khai thuế thương mại điện tử tránh rủi ro thanh tra

I. CĂN CỨ PHÁP LÝ ÁP DỤNG

1. Luật Quản lý thuế số: 38/2019/QH14 được Quốc hội thông qua ngày 13/6/2019;
2. Luật Thuế giá trị gia tăng số: 48/2024/QH15 được Quốc hội thông qua ngày 26/11/2024;
3. Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp số: 67/2025/QH15 được Quốc hội thông qua ngày 14/6/2025;
4. Luật Giao dịch điện tử số: 20/2023/QH15 được Quốc hội thông qua ngày 22/6/2023;
5. Các văn bản hướng dẫn thi hành khác có liên quan còn hiệu lực.

II. NHẬN ĐỊNH PHÁP LÝ VÀ RỦI RO THANH TRA THUẾ TMĐT

Thương mại điện tử là nhóm ngành được cơ quan thuế theo dõi dữ liệu điện tử và đối soát tự động.

Cơ quan thuế hiện nay có khả năng:

1. Đối chiếu dữ liệu từ sàn thương mại điện tử;
2. Đối chiếu dòng tiền qua ngân hàng;
3. Phân tích dữ liệu hóa đơn điện tử;
4. So sánh tỷ suất lợi nhuận ngành;
5. Phát hiện bất thường bằng hệ thống quản lý rủi ro.

Nếu doanh nghiệp không có quy trình kiểm soát nội bộ rõ ràng, chỉ cần một trong các dữ liệu sau không khớp là có thể bị đưa vào diện thanh tra:

• Doanh thu sàn ≠ doanh thu hóa đơn;
• Doanh thu ngân hàng ≠ doanh thu kê khai;
• Không kê khai doanh thu COD;
• Không kê khai thuế nhà thầu với chi phí quảng cáo quốc tế.

👉 Xem thêm: Kiểm tra số liệu thuế 3 năm trước thanh tra – TLK phân tích chuyên sâu

Trong thực tiễn TLK xử lý, rủi ro lớn nhất của doanh nghiệp TMĐT không phải trốn thuế mà là:

• Không có hệ thống đối soát;
• Không kiểm soát dòng tiền đa kênh;
• Không chuẩn hóa thời điểm ghi nhận doanh thu.

III. ĐẶC THÙ DOANH THU CỦA DOANH NGHIỆP THƯƠNG MẠI ĐIỆN TỬ

Để kê khai đúng, phải hiểu đúng cấu trúc dòng tiền.

Ảnh 1: Dòng tiền thương mại điện tử và kiểm soát kê khai thuế – Công ty Luật TLK 097.211.8764 / 0969.760.195

1. Doanh thu qua sàn thương mại điện tử

Doanh thu tính thuế phải là:

• Giá bán trước khi trừ phí sàn;
• Bao gồm các khoản phụ thu;
• Điều chỉnh khi có hoàn trả.

Sai lầm phổ biến:

• Ghi nhận theo số tiền thực nhận sau khi trừ phí;
• Không tách riêng phí sàn vào chi phí.

Điều này làm sai cả thuế giá trị gia tăng và thuế thu nhập doanh nghiệp.

2. Doanh thu COD

Nhiều doanh nghiệp:

• Chỉ ghi nhận khi tiền về;
• Không đối soát đầy đủ với đơn vị vận chuyển;
• Không lập hóa đơn đúng thời điểm giao hàng.

Đây là điểm rủi ro rất cao khi thanh tra.

3. Doanh thu quốc tế

Nếu bán hàng xuyên biên giới hoặc nhận tiền từ nền tảng nước ngoài:

• Phải xác định điều kiện áp dụng thuế suất;
• Phải có chứng từ thanh toán hợp lệ;
• Phải đáp ứng quy định của luật thuế giá trị gia tăng.

👉 Xem thêm: Thuế nhà thầu hợp đồng công nghệ: Có phải nộp không?

IV. NGHĨA VỤ KÊ KHAI THUẾ GIÁ TRỊ GIA TĂNG

1. Thời điểm xác định thuế

Thuế giá trị gia tăng phát sinh khi:

• Chuyển giao quyền sở hữu; hoặc
• Hoàn thành cung ứng dịch vụ.

Việc xuất hóa đơn sai thời điểm có thể bị xử phạt và truy thu.

👉 Xem thêm: Xử lý chênh lệch tỷ giá nhận tiền từ nước ngoài đúng thuế

2. Xử lý hàng hoàn trả

Nếu không lập hóa đơn điều chỉnh:

• Không được giảm thuế đầu ra;
• Phát sinh chênh lệch dữ liệu;
• Bị đánh giá kê khai sai.

V. NGHĨA VỤ KÊ KHAI THUẾ THU NHẬP DOANH NGHIỆP

1. Ghi nhận doanh thu đúng kỳ

Doanh thu phải được ghi nhận đúng thời điểm chuyển giao hàng hóa, không phụ thuộc việc đã thu tiền hay chưa.

2. Chi phí quảng cáo xuyên biên giới

Chi phí Google, Facebook, TikTok Ads:

• Thanh toán cho nhà cung cấp nước ngoài;
• Có thể phát sinh nghĩa vụ thuế nhà thầu;
• Phải có chứng từ hợp lệ để được trừ.

👉 Xem thêm: Thiết kế mô hình trả lương tối ưu Thuế Thu nhập cá nhân

Nhiều doanh nghiệp chỉ hạch toán chi phí mà không kê khai thuế nhà thầu → đây là điểm thanh tra rất phổ biến.

VI. KÊ KHAI DOANH THU QUA SÀN, CỔNG THANH TOÁN, ĐỐI TÁC NƯỚC NGOÀI

Sau khi xác định đúng bản chất doanh thu, doanh nghiệp thương mại điện tử phải kiểm soát nguồn dữ liệu đầu vào để kê khai.

Rủi ro lớn nhất hiện nay không nằm ở công thức tính thuế, mà nằm ở sự không đồng bộ giữa các hệ thống dữ liệu.

Ảnh 2: Đối soát doanh thu thương mại điện tử tránh truy thu thuế – Công ty Luật TLK / 097.211.8764 / 0969.760.195

1. Doanh thu qua sàn TMĐT

Doanh nghiệp phải đối chiếu:

1. Báo cáo bán hàng từ sàn;
2. Sao kê thanh toán thực nhận;
3. Hóa đơn đã xuất;
4. Hàng hoàn trả – hủy đơn.

Sai lệch phổ biến:

• Không ghi nhận đơn thành công nhưng bị hoàn tiền;
• Không tách phí sàn vào chi phí hợp lệ;
• Không theo dõi chiết khấu marketing từ sàn.

👉 Xem thêm: Thiết kế kiểm toán nội bộ thuế định kỳ phòng ngừa rủi ro

Nếu dữ liệu sàn > dữ liệu hóa đơn, doanh nghiệp có nguy cơ bị ấn định doanh thu.

2. Cổng thanh toán và ví điện tử

Nhiều doanh nghiệp:

• Không tách riêng dòng tiền ví điện tử;
• Ghi nhận theo thời điểm tiền về ngân hàng thay vì thời điểm giao dịch hoàn tất.

Trong thanh tra, cơ quan thuế có thể yêu cầu:

• Sao kê tài khoản;
• Đối chiếu giao dịch thanh toán điện tử;
• Kiểm tra sự trùng khớp với báo cáo bán hàng.

3. Doanh thu và chi phí với đối tác nước ngoài

Bao gồm:

• Phí quảng cáo Google, Meta, TikTok;
• Phí phần mềm SaaS;
• Phí hoa hồng nền tảng.

Doanh nghiệp phải xác định:

1. Có phát sinh thuế nhà thầu không;
2. Có nghĩa vụ khấu trừ trước khi thanh toán không;
3. Có được tính chi phí hợp lý khi quyết toán thuế không.

👉 Xem thêm: Xử lý chênh lệch tỷ giá nhận tiền từ nước ngoài đúng thuế

Đây là nhóm rủi ro bị truy thu rất cao trong các cuộc thanh tra TMĐT 2–3 năm gần đây.

VII. HÓA ĐƠN ĐIỆN TỬ VÀ ĐỐI SOÁT DOANH THU

Hóa đơn điện tử là dữ liệu trọng yếu mà cơ quan thuế sử dụng để phân tích rủi ro.

1. Sai thời điểm xuất hóa đơn

Nếu:

• Giao hàng ngày 28;
• Xuất hóa đơn ngày 10 tháng sau;

Doanh nghiệp có thể bị xử phạt về thời điểm lập hóa đơn.

2. Không xuất hóa đơn cho khách lẻ

Nhiều doanh nghiệp TMĐT:

• Chỉ xuất hóa đơn khi khách yêu cầu;
• Không lập hóa đơn tổng hợp theo quy định.

Điều này dẫn đến:

• Doanh thu thực tế > doanh thu kê khai;
• Rủi ro bị ấn định.

VIII. CÁC DẤU HIỆU KHIẾN DOANH NGHIỆP TMĐT BỊ THANH TRA

Qua thực tiễn xử lý tại Công ty Luật TLK, 6 nhóm dấu hiệu thường khiến doanh nghiệp bị đưa vào diện kiểm tra chuyên sâu gồm:

1. Doanh thu tăng mạnh nhưng lợi nhuận rất thấp

Cơ quan thuế sẽ so sánh:

• Tỷ suất lợi nhuận ngành;
• Biên lợi nhuận của doanh nghiệp tương tự.

Nếu chênh lệch bất thường → có thể bị yêu cầu giải trình.

2. Dữ liệu sàn không khớp với kê khai

Nếu cơ quan thuế thu thập dữ liệu từ sàn và phát hiện chênh lệch:

• Có thể ấn định doanh thu;
• Yêu cầu cung cấp toàn bộ dữ liệu bán hàng.

3. Không kê khai thuế nhà thầu

Chi phí quảng cáo xuyên biên giới là điểm thanh tra phổ biến nhất hiện nay.

👉 Xem thêm: Thiết kế kiểm toán nội bộ thuế định kỳ phòng ngừa rủi ro

4. Doanh thu COD lớn nhưng không có hệ thống kiểm soát

Không kiểm soát COD = rủi ro sai lệch doanh thu.

5. Thường xuyên điều chỉnh hóa đơn

Việc điều chỉnh nhiều lần có thể bị đánh giá là hệ thống kế toán thiếu kiểm soát.

6. Lỗ nhiều năm liên tiếp

Nếu doanh nghiệp lỗ kéo dài nhưng doanh thu cao, có thể bị đưa vào diện kiểm tra chuyên sâu.

IX. MỨC PHẠT, TRUY THU VÀ ẤN ĐỊNH THUẾ

Nếu bị xác định kê khai sai:

1. Truy thu thuế giá trị gia tăng;
2. Truy thu thuế thu nhập doanh nghiệp;
3. Phạt 20% số thuế thiếu;
4. Tiền chậm nộp tính theo ngày;
5. Ấn định doanh thu nếu không cung cấp đủ hồ sơ.

Ví dụ:

• Doanh thu bị ấn định tăng thêm 5 tỷ;
• Thuế suất 20%;
• Số thuế truy thu có thể lên tới hàng tỷ đồng chưa kể tiền phạt.

X. QUY TRÌNH KÊ KHAI THUẾ CHUẨN CHO DOANH NGHIỆP TMĐT

Để tránh rủi ro thanh tra, doanh nghiệp thương mại điện tử không thể chỉ “kê khai đúng” mà phải xây dựng quy trình kiểm soát nội bộ chuẩn hóa.

Công ty Luật TLK cùng Công ty TNHH Tư vấn Đại lý Thuế TLK Global thiết kế quy trình 7 bước chuyên biệt cho doanh nghiệp TMĐT:

1. Mapping toàn bộ dòng tiền

• Liệt kê tất cả kênh bán hàng;
• Liệt kê tất cả tài khoản nhận tiền;
• Phân loại theo: sàn – website – COD – quốc tế.

2. Đối soát 3 chiều hàng tháng

1. Báo cáo bán hàng;
2. Sao kê ngân hàng;
3. Hóa đơn điện tử đã phát hành.

3. Kiểm soát doanh thu COD

• Đối chiếu báo cáo đơn vị vận chuyển;
• Kiểm tra tỷ lệ hoàn trả;
• Điều chỉnh doanh thu kịp thời.

4. Kiểm tra thuế nhà thầu

• Xác định chi phí quảng cáo xuyên biên giới;
• Xác định nghĩa vụ khấu trừ;
• Lập hồ sơ nộp thay đúng kỳ.

5. Kiểm soát thời điểm lập hóa đơn

• Đảm bảo phù hợp thời điểm chuyển giao hàng hóa;
• Hạn chế điều chỉnh nhiều lần.

6. Phân tích biên lợi nhuận ngành

• So sánh với doanh nghiệp cùng lĩnh vực;
• Giải trình nếu tỷ suất bất thường.

7. Chuẩn bị hồ sơ phòng vệ thanh tra

• Báo cáo phân tích rủi ro nội bộ;
• Bảng đối chiếu dữ liệu;
• Hồ sơ thuế nhà thầu;
• Giải trình phương pháp ghi nhận doanh thu.

Ảnh 3: Quy trình kê khai thuế thương mại điện tử chuẩn TLK – Hotline 097.211.8764 / 0969.760.195

XI. CÔNG TY LUẬT TLK XÂY DỰNG QUY TRÌNH KIỂM SOÁT NỘI BỘ NHƯ THẾ NÀO

Điểm khác biệt của TLK không chỉ là tư vấn kê khai, mà là thiết kế hệ thống phòng ngừa rủi ro dài hạn.

Hệ sinh thái TLK triển khai theo 3 tầng kiểm soát:

Tầng 1 – Kiểm soát dữ liệu kế toán

Do TLK Global thực hiện:

• Đối soát doanh thu đa kênh;
• Kiểm tra chi phí hợp lệ;
• Kiểm soát hóa đơn.

Tầng 2 – Kiểm soát pháp lý thuế

Do Công ty Luật TLK phụ trách:

• Phân tích rủi ro truy thu;
• Đánh giá khả năng ấn định thuế;
• Chuẩn bị phương án phòng vệ.

Tầng 3 – Phòng vệ khi thanh tra

• Soạn thảo giải trình;
• Làm việc trực tiếp với cơ quan thuế;
• Bảo vệ quyền lợi doanh nghiệp.

Chính mô hình kết hợp Luật sư + Đại lý thuế giúp doanh nghiệp không chỉ “kê khai đúng”, mà còn “đứng vững khi bị kiểm tra”.

XII. LỢI THẾ HỆ SINH THÁI TLK TRONG KIỂM SOÁT RỦI RO TMĐT

Doanh nghiệp TMĐT có đặc thù:

• Dữ liệu lớn;
• Dòng tiền phân tán;
• Tăng trưởng nhanh;
• Rủi ro thanh tra cao.

TLK mang lại 5 giá trị cốt lõi:

1. Phân tích pháp lý chuyên sâu;
2. Kiểm soát thuế nhà thầu;
3. Thiết kế quy trình nội bộ;
4. Tối ưu hợp pháp chi phí marketing;
5. Đồng hành khi thanh tra.

👉 Xem thêm: Thu nhập tài trợ nước ngoài kê khai và tính thuế thế nào?

XIII. CÁC CÂU HỎI THƯỜNG GẶP CỦA KHÁCH HÀNG

1. Doanh thu qua sàn đã bị trừ phí có cần kê khai toàn bộ không?
   Có. Doanh thu tính thuế phải là giá bán trước khi trừ phí sàn, phí sàn được hạch toán vào chi phí hợp lệ nếu đáp ứng điều kiện chứng từ.
2. Nếu khách không yêu cầu hóa đơn có phải xuất không?
   Doanh nghiệp vẫn phải lập hóa đơn theo quy định, kể cả khi người mua không yêu cầu.
3. Bán hàng COD có được kê khai khi tiền về không?
   Doanh thu phải ghi nhận theo thời điểm chuyển giao hàng hóa, không phụ thuộc thời điểm thu tiền.
4. Chi phí quảng cáo Google có phải nộp thuế nhà thầu không?
   Trong nhiều trường hợp có. Doanh nghiệp cần xác định đúng bản chất dịch vụ để kê khai phù hợp.
5. Nếu không kê khai thuế nhà thầu sẽ bị xử lý thế nào?
   Có thể bị truy thu thuế, phạt khai sai và tiền chậm nộp.
6. Doanh nghiệp lỗ nhiều năm có bị thanh tra không?
   Nếu doanh thu lớn nhưng lợi nhuận thấp bất thường, khả năng bị kiểm tra là rất cao.
7. Hàng hoàn trả có được điều chỉnh thuế không?
   Có, nếu lập hóa đơn điều chỉnh đúng quy định.
8. Có bắt buộc đối soát dữ liệu sàn hàng tháng không?
   Không bắt buộc theo văn bản riêng, nhưng đây là biện pháp phòng ngừa rủi ro hiệu quả.
9. TLK có thể xây dựng quy trình kiểm soát riêng cho từng doanh nghiệp không?
   Có. Quy trình được thiết kế dựa trên mô hình kinh doanh cụ thể.
10. Rà soát trước có giúp giảm truy thu không?
    Trong thực tế, rà soát sớm giúp doanh nghiệp điều chỉnh kịp thời và giảm đáng kể rủi ro thanh tra.

👉 Quý Khách hàng có thể tham khảo thêm thông tin về Hệ sinh thái TLK và các gói ưu đãi dịch vụ Pháp lý, Kế toán – Thuế đang được áp dụng dưới đây.

🔗 Chính sách ưu đãi dịch vụ pháp lý của Công ty Luật TLK

🔗 Chính sách ưu đãi dịch vụ Kế toán – Thuế của Công ty Tư vấn và Đại lý thuế TLK Global

🔗 Hệ sinh thái TLK: Công ty Luật TLK và Công ty Tư vấn và Đại lý Thuế TLK Global

XIV. THÔNG TIN LIÊN HỆ CÔNG TY LUẬT TLK

Kê khai thuế trong thương mại điện tử không chỉ là việc lập tờ khai đúng hạn. Đó là việc kiểm soát toàn bộ cấu trúc dòng tiền, dữ liệu và nghĩa vụ pháp lý xuyên suốt quá trình vận hành.

Hệ sinh thái kết hợp giữa Công ty Luật TLK và Công ty TNHH Tư vấn Đại lý Thuế TLK Global mang đến giải pháp toàn diện: từ thiết kế quy trình nội bộ, kiểm soát dữ liệu, tối ưu thuế hợp pháp đến bảo vệ doanh nghiệp khi thanh tra.

Chúng tôi không chỉ cung cấp dịch vụ đơn lẻ – mà kiến tạo hệ thống bảo vệ doanh nghiệp ở cấp độ cấu trúc, một cách thực chất và bền vững.

CÔNG TY LUẬT TLK

🌐 Website: https://tlklawfirm.vn
📧 Email: info@tlklawfirm.vn
☎ Tel: 0243.2011.747
📞 Hotline: 097.211.8764 / 0969.760.195