Doanh nghiệp đang thanh tra thuế có được thay đổi phương pháp tính thuế GTGT không?

I. CĂN CỨ PHÁP LÝ ÁP DỤNG

1. Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14, được Quốc hội thông qua ngày 13/6/2019;

2. Luật Thuế giá trị gia tăng số 48/2024/QH15, được Quốc hội thông qua ngày 29/11/2024, có hiệu lực từ 01/7/2025;

3. Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp số 67/2025/QH15, được Quốc hội thông qua ngày 29/11/2025, có hiệu lực từ 01/10/2025;

4. Nghị định số 126/2020/NĐ-CP, do Chính phủ ban hành ngày 19/10/2020;

5. Thông tư số 80/2021/TT-BTC, do Bộ Tài chính ban hành ngày 29/9/2021;

6. Các văn bản hướng dẫn thi hành khác có liên quan còn hiệu lực.

II. NHẬN ĐỊNH PHÁP LÝ VÀ CHIẾN LƯỢC KIỂM SOÁT RỦI RO

Trong đa số trường hợp, doanh nghiệp đang bị thanh tra hoặc kiểm tra thuế không nên và rất khó thay đổi phương pháp tính thuế GTGT một cách an toàn, dù trên lý thuyết có thể đáp ứng điều kiện. Việc đăng ký thay đổi trong giai đoạn này không giúp hợp thức hóa các kỳ đã phát sinh nghĩa vụ thuế, thậm chí còn làm mở rộng phạm vi thanh tra và gia tăng nguy cơ truy thu, xử phạt.

Thực tiễn xử lý cho thấy, nhiều doanh nghiệp khi nhận thông báo thanh tra mới phát hiện mình áp dụng sai phương pháp tính thuế GTGT và vội vàng đăng ký thay đổi để “sửa sai”. Tuy nhiên, động thái này thường không mang lại lợi ích như kỳ vọng, bởi cơ quan thuế đánh giá nghĩa vụ thuế theo trạng thái pháp lý tại thời điểm phát sinh, không theo sự thay đổi sau đó.

👉 Xem thêm: Đăng ký thay đổi phương pháp tính thuế GTGT và TNDN cho doanh nghiệp (Mới nhất)

III. TRẠNG THÁI PHÁP LÝ CỦA DOANH NGHIỆP KHI ĐANG THANH TRA, KIỂM TRA THUẾ

Để trả lời chính xác việc có được thay đổi phương pháp tính thuế GTGT hay không, cần hiểu rõ trạng thái pháp lý đặc thù của doanh nghiệp trong giai đoạn thanh tra, kiểm tra thuế.

1. Nguyên tắc “đóng băng trạng thái pháp lý” khi thanh tra

Khi cơ quan thuế ban hành quyết định thanh tra hoặc kiểm tra, doanh nghiệp được xem là bước vào giai đoạn:

• Cơ quan thuế xác định và đánh giá nghĩa vụ thuế của các kỳ trước;

• Phương pháp tính thuế GTGT đang áp dụng được coi là trạng thái pháp lý cố định để xem xét đúng – sai.

Việc doanh nghiệp thay đổi phương pháp GTGT sau thời điểm này không làm thay đổi bản chất pháp lý của các kỳ đã phát sinh nghĩa vụ và đang bị thanh tra.

2. Cách cơ quan thuế xác định phương pháp GTGT tại thời điểm phát sinh nghĩa vụ

Trong quá trình thanh tra, cơ quan thuế thường căn cứ:

• Phương pháp tính thuế GTGT doanh nghiệp đã đăng ký và áp dụng trên thực tế;

• Hồ sơ khai thuế, hóa đơn, chứng từ của từng kỳ;

• Điều kiện pháp lý tương ứng tại thời điểm phát sinh doanh thu và chi phí.

Do đó, việc đăng ký thay đổi phương pháp GTGT trong lúc thanh tra không có giá trị điều chỉnh cho quá khứ, mà chỉ có thể (nếu được chấp thuận) áp dụng cho kỳ tương lai.

Ảnh 1: Trạng thái pháp lý doanh nghiệp khi đang thanh tra thuế – Hotline 097.211.8764/ 0969.760.195

👉 Xem thêm: Khi nào được thay đổi phương pháp tính thuế GTGT? Các mốc thời gian dễ sai

IV. DOANH NGHIỆP ĐANG THANH TRA CÓ ĐƯỢC THAY ĐỔI PHƯƠNG PHÁP TÍNH THUẾ GTGT KHÔNG?

Trên thực tế, câu hỏi này không có câu trả lời “có” hoặc “không” tuyệt đối, mà cần phân biệt rõ quyền thủ tục và mức độ an toàn pháp lý.

1. Về mặt thủ tục: có thể đăng ký nhưng không đồng nghĩa được chấp thuận

Pháp luật thuế không cấm tuyệt đối doanh nghiệp đang thanh tra nộp hồ sơ đăng ký thay đổi phương pháp tính thuế GTGT. Tuy nhiên:

• Cơ quan thuế có thể chưa xem xét hoặc tạm dừng giải quyết hồ sơ;

• Việc thay đổi (nếu có) không làm thay đổi kết quả thanh tra đối với các kỳ trước.

2. Về mặt rủi ro: thay đổi trong thanh tra thường không có lợi

Trong đa số trường hợp:

• Việc đăng ký thay đổi phương pháp GTGT trong giai đoạn thanh tra không giúp giảm rủi ro,

• Ngược lại còn có thể khiến cơ quan thuế xem xét lại toàn bộ lịch sử áp dụng phương pháp, kéo dài thời gian và phạm vi thanh tra.

Vì vậy, nhiều doanh nghiệp lựa chọn phương án chờ kết thúc thanh tra, sau đó mới thực hiện thay đổi phương pháp cho kỳ tiếp theo để bảo đảm an toàn.

👉 Xem thêm: Doanh nghiệp áp dụng sai phương pháp tính thuế GTGT – Rủi ro truy thu và cách xử lý

V. RỦI RO PHÁP LÝ KHI DOANH NGHIỆP THAY ĐỔI PHƯƠNG PHÁP TÍNH THUẾ GTGT TRONG GIAI ĐOẠN THANH TRA

Trong thực tiễn thanh tra, việc doanh nghiệp chủ động đăng ký thay đổi phương pháp tính thuế GTGT không phải lúc nào cũng được nhìn nhận là hành vi tuân thủ tích cực, đặc biệt khi việc thay đổi diễn ra đồng thời hoặc ngay sau thời điểm cơ quan thuế ban hành quyết định thanh tra, kiểm tra.

1. Rủi ro bị coi là thay đổi không đúng thời điểm pháp lý

Cơ quan thuế khi tiến hành thanh tra thường:

• Đánh giá nghĩa vụ thuế theo trạng thái pháp lý tại thời điểm phát sinh;

• Không công nhận các thay đổi phát sinh sau thời điểm bắt đầu thanh tra để điều chỉnh cho quá khứ.

Do đó, việc doanh nghiệp thay đổi phương pháp GTGT trong giai đoạn này:

• Không làm giảm trách nhiệm pháp lý của các kỳ đã phát sinh;

• Có thể bị coi là thay đổi không đúng thời điểm, không có giá trị điều chỉnh nghĩa vụ thuế.

2. Rủi ro bị mở rộng phạm vi thanh tra, kiểm tra

Thực tiễn cho thấy, khi doanh nghiệp:

• Đang bị thanh tra, kiểm tra;

• Đồng thời phát sinh yêu cầu thay đổi phương pháp GTGT,

thì cơ quan thuế có xu hướng:

• Rà soát sâu hơn toàn bộ lịch sử áp dụng phương pháp GTGT;

• Mở rộng phạm vi kiểm tra sang các sắc thuế khác.

Hệ quả là:

• Thời gian thanh tra có thể kéo dài;

• Phạm vi truy thu và xử phạt có nguy cơ gia tăng đáng kể.

VI. ẢNH HƯỞNG ĐẾN THUẾ THU NHẬP DOANH NGHIỆP VÀ CÁC NGHĨA VỤ LIÊN QUAN

Một trong những sai lầm phổ biến của doanh nghiệp là cho rằng việc thay đổi phương pháp GTGT chỉ ảnh hưởng đến thuế giá trị gia tăng, trong khi trên thực tế, hệ quả pháp lý thường lan sang thuế thu nhập doanh nghiệp và các nghĩa vụ liên quan.

1. Rủi ro điều chỉnh chi phí được trừ khi quyết toán thuế TNDN

Khi phương pháp GTGT bị đánh giá áp dụng không đúng:

• Các hóa đơn đầu vào có thể bị xem xét lại về điều kiện khấu trừ;

• Một số khoản chi phí có liên quan đến thuế GTGT bị loại khỏi chi phí được trừ.

Điều này dẫn đến:

• Tăng thu nhập chịu thuế TNDN;

• Phát sinh truy thu thuế TNDN cho nhiều kỳ.

2. Nguy cơ bị xử lý đồng thời nhiều sắc thuế

Trong nhiều cuộc thanh tra thực tế:

• Sai phạm về phương pháp GTGT thường kéo theo rà soát TNDN;

• Doanh nghiệp có thể bị xử lý đồng thời cả GTGT và TNDN, kèm theo tiền chậm nộp.

Việc thay đổi phương pháp GTGT trong giai đoạn thanh tra không những không giúp giảm rủi ro, mà còn có thể làm gia tăng hệ quả tài chính.

👉 Xem thêm: Doanh nghiệp áp dụng sai phương pháp tính thuế GTGT – Dấu hiệu và cách xử lý

Ảnh 2: Rủi ro thuế TNDN khi thay đổi phương pháp tính thuế GTGT – Hotline 097.211.8764/ 0969.760.195

VII. KINH NGHIỆM THỰC TIỄN XỬ LÝ AN TOÀN CHO DOANH NGHIỆP ĐANG THANH TRA

Từ kinh nghiệm hỗ trợ doanh nghiệp làm việc với cơ quan thuế, có thể rút ra một số định hướng xử lý giúp giảm thiểu rủi ro pháp lý khi doanh nghiệp đang bị thanh tra, kiểm tra thuế.

1. Ưu tiên kiểm soát rủi ro cho giai đoạn đang thanh tra

Trong đa số trường hợp, nguyên tắc xử lý an toàn là:

• Không vội vàng đăng ký thay đổi phương pháp GTGT trong giai đoạn thanh tra;

• Tập trung rà soát, chuẩn hóa hồ sơ cho các kỳ đang bị kiểm tra;

• Chuẩn bị phương án giải trình rõ ràng về phương pháp đã áp dụng.

Cách tiếp cận này giúp doanh nghiệp:

• Hạn chế việc mở rộng phạm vi thanh tra;

• Giữ thế chủ động khi làm việc với cơ quan thuế.

2. Tách bạch rõ giai đoạn trước và sau thanh tra

Doanh nghiệp cần:

• Xác định rõ các kỳ tính thuế đang bị thanh tra;

• Lập kế hoạch thay đổi phương pháp GTGT cho kỳ tiếp theo sau khi kết thúc thanh tra.

Việc tách bạch này giúp:

• Bảo đảm thay đổi phương pháp được thực hiện đúng thời điểm;

• Giảm nguy cơ bị đánh giá là điều chỉnh mang tính đối phó.

Ảnh 3: Chiến lược xử lý an toàn khi doanh nghiệp đang thanh tra thuế – Hotline 097.211.8764/ 0969.760.195

VIII. LỢI ÍCH KHI DOANH NGHIỆP CÓ TƯ VẤN PHÁP LÝ TRƯỚC KHI QUYẾT ĐỊNH THAY ĐỔI PHƯƠNG PHÁP GTGT

Trong bối cảnh doanh nghiệp đang bị thanh tra, kiểm tra thuế, việc thay đổi phương pháp tính thuế GTGT nếu không được đánh giá đầy đủ sẽ không làm giảm rủi ro, thậm chí còn làm gia tăng hệ quả pháp lý. Tư vấn pháp lý chuyên sâu giúp doanh nghiệp kiểm soát thời điểm – phạm vi – hậu quả của mọi quyết định liên quan.

1. Kiểm soát đúng thời điểm và phạm vi thay đổi

Tư vấn pháp lý giúp doanh nghiệp:

• Phân định rõ các kỳ tính thuế đang bị thanh tra và các kỳ chưa phát sinh nghĩa vụ;

• Xác định thời điểm an toàn để đăng ký thay đổi phương pháp GTGT cho kỳ tiếp theo;

• Tránh việc thay đổi bị đánh giá là không đúng thời điểm pháp lý.

2. Hạn chế nguy cơ mở rộng thanh tra và truy thu

Thông qua rà soát hồ sơ và đánh giá chiến lược:

• Doanh nghiệp hạn chế nguy cơ cơ quan thuế mở rộng phạm vi kiểm tra;

• Giảm khả năng bị truy thu đồng thời nhiều sắc thuế;

• Giữ thế chủ động trong quá trình làm việc và giải trình.

👉 Xem thêm: Kê khai VAT sai kỳ: Rủi ro & cách xử lý an toàn

IX. QUY TRÌNH CÔNG TY LUẬT TLK HỖ TRỢ DOANH NGHIỆP ĐANG THANH TRA, KIỂM TRA THUẾ

Công ty Luật TLK triển khai quy trình hỗ trợ doanh nghiệp theo hướng an toàn pháp lý – kiểm soát rủi ro – tối ưu phương án xử lý, đặc biệt với các hồ sơ đang trong giai đoạn thanh tra, kiểm tra thuế.

1. Rà soát trạng thái pháp lý và hồ sơ thuế

• Kiểm tra phương pháp GTGT đã áp dụng theo từng kỳ;

• Đối chiếu điều kiện pháp lý tại thời điểm phát sinh nghĩa vụ;

• Nhận diện các điểm có nguy cơ bị truy thu hoặc xử phạt.

2. Xây dựng phương án xử lý và lộ trình thay đổi an toàn

• Tách bạch rõ giai đoạn trước – trong – sau thanh tra;

• Đề xuất thời điểm đăng ký thay đổi phương pháp GTGT phù hợp;

• Hỗ trợ chuẩn bị hồ sơ, phương án giải trình với cơ quan thuế.

👉 Xem thêm: Áp dụng sai phương pháp GTGT có bị truy thu thuế TNDN không?

X. CÁC CÂU HỎI THƯỜNG GẶP CỦA KHÁCH HÀNG 

1. Doanh nghiệp đang bị thanh tra có được đăng ký thay đổi phương pháp GTGT không?
Về thủ tục, doanh nghiệp có thể nộp hồ sơ đăng ký; tuy nhiên, việc giải quyết và hiệu lực áp dụng thường không làm thay đổi trách nhiệm đối với các kỳ đang bị thanh tra.

2. Thay đổi phương pháp GTGT trong thanh tra có giúp giảm truy thu không?
Không. Cơ quan thuế đánh giá nghĩa vụ theo trạng thái pháp lý tại thời điểm phát sinh, không theo thay đổi sau đó.

3. Cơ quan thuế có thể từ chối hoặc tạm dừng giải quyết hồ sơ thay đổi không?
Có. Thực tế nhiều hồ sơ chỉ được xem xét sau khi kết thúc thanh tra.

4. Việc thay đổi phương pháp GTGT có làm tăng rủi ro thuế TNDN không?
Có thể. Sai sót GTGT thường kéo theo rà soát chi phí, dẫn đến truy thu TNDN.

5. Doanh nghiệp nên làm gì khi phát hiện áp dụng sai phương pháp ngay trước thanh tra?
Ưu tiên rà soát, chuẩn hóa hồ sơ và chuẩn bị phương án giải trình, không vội thay đổi.

6. Có nên chờ kết thúc thanh tra rồi mới thay đổi phương pháp GTGT không?
Trong đa số trường hợp, đây là phương án an toàn hơn nếu chưa có đánh giá pháp lý đầy đủ.

7. Thay đổi phương pháp trong thanh tra có kéo dài thời gian kiểm tra không?
Có khả năng, do cơ quan thuế có thể mở rộng phạm vi rà soát.

8. Doanh nghiệp có bị xử phạt chỉ vì đăng ký thay đổi trong thanh tra không?
Không phạt riêng việc đăng ký, nhưng có thể bị xử lý các sai phạm phát sinh khi rà soát.

9. Khi nào doanh nghiệp nên nhờ tư vấn pháp lý?
Ngay khi nhận thông báo thanh tra hoặc trước khi quyết định thay đổi phương pháp GTGT.

10. Công ty Luật TLK có hỗ trợ trọn gói trường hợp này không?
Có. TLK hỗ trợ từ rà soát, tư vấn chiến lược đến làm việc với cơ quan thuế và xây dựng lộ trình an toàn.

👉 Quý Khách hàng có thể tham khảo thêm thông tin về Hệ sinh thái TLK và các gói ưu đãi dịch vụ Pháp lý, Kế toán – Thuế đang được áp dụng dưới đây.

🔗 Chính sách ưu đãi dịch vụ pháp lý của Công ty Luật TLK

🔗 Chính sách ưu đãi dịch vụ Kế toán – Thuế của Công ty Tư vấn và Đại lý thuế TLK Global

🔗 Hệ sinh thái TLK: Công ty Luật TLK và Công ty Tư vấn và Đại lý Thuế TLK Global

XI. THÔNG TIN LIÊN HỆ CÔNG TY LUẬT TLK

Công ty Luật TLK cung cấp dịch vụ tư vấn và xử lý hồ sơ thuế chuyên sâu, hỗ trợ doanh nghiệp đang bị thanh tra, kiểm tra thuế, xây dựng lộ trình thay đổi phương pháp GTGT an toàn, bảo vệ tối đa quyền và lợi ích hợp pháp của doanh nghiệp.

CÔNG TY LUẬT TLK

🌐 Website: tlklawfirm.vn

📧 Email: info@tlklawfirm.vn

☎ Tel: 0243.2011.747

📞 Hotline: 097.211.8764 / 0969.760.195