Đang thanh tra thuế có được thay đổi phương pháp tính thuế GTGT không?

I. CĂN CỨ PHÁP LÝ ÁP DỤNG

1. Luật Quản lý thuế số 38/2019/QH14 được Quốc hội thông qua ngày 13/6/2019;

2. Luật Thuế giá trị gia tăng số 48/2024/QH15 được Quốc hội thông qua ngày 29/11/2024, có hiệu lực từ ngày 01/7/2025;

3. Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp số 67/2025/QH15 được Quốc hội thông qua ngày 29/11/2025, có hiệu lực từ ngày 01/10/2025;

4. Nghị định số 125/2020/NĐ-CP do Chính phủ ban hành ngày 19/10/2020, quy định xử phạt vi phạm hành chính về thuế và hóa đơn;

5. Nghị định số 126/2020/NĐ-CP do Chính phủ ban hành ngày 19/10/2020, quy định chi tiết một số điều của Luật Quản lý thuế;

6. Thông tư số 80/2021/TT-BTC do Bộ Tài chính ban hành ngày 29/9/2021, hướng dẫn thi hành Luật Quản lý thuế;

7. Các văn bản hướng dẫn thi hành khác có liên quan còn hiệu lực.

II. NHẬN ĐỊNH PHÁP LÝ VÀ CHIẾN LƯỢC KIỂM SOÁT RỦI RO

Về nguyên tắc, doanh nghiệp đang trong quá trình thanh tra, kiểm tra thuế không nên và gần như không thể thay đổi phương pháp tính thuế GTGT mà không phát sinh rủi ro pháp lý nghiêm trọng. Mặc dù pháp luật không ban hành một điều cấm trực tiếp, nhưng thực tiễn áp dụng cho thấy mọi thay đổi về phương pháp GTGT trong giai đoạn này đều bị cơ quan thuế đặt trong trạng thái kiểm soát đặc biệt.

Trong nhiều trường hợp, việc doanh nghiệp nộp hồ sơ thay đổi phương pháp GTGT khi đang thanh tra không chỉ không được chấp thuận, mà còn có thể trở thành tín hiệu làm mở rộng phạm vi thanh tra, kéo theo truy thu, xử phạt và rà soát toàn bộ dữ liệu hóa đơn – kế toán. Vì vậy, việc nhận diện đúng rủi ro pháp lý khi thay đổi phương pháp GTGT trong giai đoạn thanh tra, kiểm tra thuế là yếu tố sống còn đối với an toàn thuế của doanh nghiệp.

👉 Xem thêm: Đăng ký thay đổi phương pháp tính thuế GTGT và TNDN cho doanh nghiệp (Mới nhất)

III. THANH TRA, KIỂM TRA THUẾ LÀ GÌ? DOANH NGHIỆP ĐANG Ở TRẠNG THÁI NÀO?

Trong hệ thống quản lý thuế, thanh tra và kiểm tra thuế là hai cơ chế giám sát khác nhau nhưng có cùng mục tiêu là đánh giá mức độ tuân thủ nghĩa vụ thuế của người nộp thuế. Việc doanh nghiệp đang rơi vào cơ chế nào có ý nghĩa quyết định đối với khả năng thay đổi phương pháp tính thuế GTGT.

Thứ nhất, kiểm tra thuế thường bắt đầu từ việc kiểm tra hồ sơ khai thuế tại trụ sở cơ quan thuế hoặc tại trụ sở doanh nghiệp. Ở giai đoạn này, doanh nghiệp đã bị đưa vào danh sách theo dõi rủi ro, mọi điều chỉnh lớn về thuế đều được ghi nhận và đánh giá động cơ.

Thứ hai, thanh tra thuế là cấp độ giám sát cao hơn, được thực hiện theo quyết định thanh tra với phạm vi, thời kỳ và nội dung cụ thể. Khi đã có quyết định thanh tra, doanh nghiệp được coi là đang ở trạng thái pháp lý nhạy cảm, trong đó mọi hành vi làm thay đổi nghĩa vụ thuế (bao gồm thay đổi phương pháp GTGT) đều có nguy cơ bị hiểu là can thiệp vào kết quả thanh tra.

Thứ ba, dù là kiểm tra hay thanh tra, điểm chung là doanh nghiệp không còn ở trạng thái tuân thủ bình thường. Việc thay đổi phương pháp GTGT trong giai đoạn này, dù đúng hình thức, vẫn có thể bị đánh giá là hành vi làm thay đổi căn cứ tính thuế, từ đó làm phát sinh nghi ngờ về tính trung thực trong kê khai.

Ảnh 1: Doanh nghiệp đang bị thanh tra, kiểm tra thuế – rủi ro khi thay đổi phương pháp tính thuế GTGT – Hotline 097.211.8764/ 0969.760.195

IV. DOANH NGHIỆP ĐANG THANH TRA, KIỂM TRA THUẾ CÓ ĐƯỢC THAY ĐỔI PHƯƠNG PHÁP TÍNH THUẾ GTGT KHÔNG?

Xét thuần túy về mặt văn bản pháp luật, hiện không tồn tại quy định cấm tuyệt đối doanh nghiệp đang trong giai đoạn thanh tra, kiểm tra thuế được thay đổi phương pháp tính thuế GTGT. Tuy nhiên, khoảng trống “không cấm” này không đồng nghĩa với việc được chấp thuận trong thực tiễn. Đây chính là điểm mấu chốt khiến nhiều doanh nghiệp rơi vào rủi ro pháp lý nghiêm trọng.

Về nguyên tắc quản lý thuế, khi doanh nghiệp đã bị đưa vào diện thanh tra hoặc kiểm tra, toàn bộ dữ liệu kê khai, hóa đơn, phương pháp tính thuế trong các kỳ liên quan đã trở thành đối tượng xem xét chính thức của cơ quan thuế. Việc thay đổi phương pháp tính thuế GTGT trong thời điểm này, dù áp dụng cho kỳ sau, vẫn bị nhìn nhận là hành vi làm thay đổi căn cứ đánh giá nghĩa vụ thuế, từ đó làm phát sinh nghi ngờ về mục đích thực sự của việc thay đổi.

Trong thực tiễn xử lý hồ sơ, cơ quan thuế thường áp dụng cách tiếp cận thận trọng: không ra quyết định từ chối bằng văn bản, nhưng cũng không chấp thuận hồ sơ thay đổi phương pháp cho đến khi kết thúc thanh tra, kiểm tra. Doanh nghiệp rơi vào trạng thái “treo pháp lý”, vừa không được áp dụng phương pháp mới, vừa đối mặt với nguy cơ bị đánh giá bất lợi khi thanh tra kết luận.

Đặc biệt, nếu doanh nghiệp thay đổi phương pháp GTGT trong bối cảnh đang bị thanh tra về GTGT, hóa đơn hoặc chi phí đầu vào, hành vi này rất dễ bị diễn giải theo hướng điều chỉnh nghĩa vụ thuế để giảm số phải nộp, dù động cơ thực tế của doanh nghiệp có thể hoàn toàn hợp pháp. Đây là lý do vì sao về mặt chiến lược pháp lý, TLK luôn khuyến nghị doanh nghiệp không thực hiện bất kỳ thay đổi lớn nào về phương pháp tính thuế GTGT trong giai đoạn thanh tra, kiểm tra.

👉 Xem thêm: Doanh nghiệp có bị xử phạt khi thay đổi phương pháp tính thuế GTGT sai thời điểm không?

V. NHỮNG RỦI RO PHÁP LÝ NGHIÊM TRỌNG NẾU DOANH NGHIỆP VẪN CỐ TÌNH THAY ĐỔI

Khi doanh nghiệp vẫn nộp hồ sơ hoặc tự ý áp dụng phương pháp tính thuế GTGT mới trong giai đoạn đang thanh tra, kiểm tra, rủi ro không chỉ dừng lại ở việc không được chấp thuận, mà có thể lan rộng sang nhiều hệ quả pháp lý nghiêm trọng.

Thứ nhất, rủi ro bị mở rộng phạm vi thanh tra. Việc thay đổi phương pháp GTGT thường được cơ quan thuế coi là “tình tiết mới”, làm phát sinh nghi ngờ về sự chính xác của các kỳ trước. Kết quả là phạm vi thanh tra có thể bị mở rộng cả về thời gian lẫn nội dung, kéo dài thời gian làm việc và gia tăng áp lực cho doanh nghiệp.

Thứ hai, rủi ro bị truy thu và xử phạt. Nếu doanh nghiệp đã xuất hóa đơn hoặc kê khai theo phương pháp mới khi chưa được chấp thuận, cơ quan thuế có thể xác định đây là hành vi kê khai sai phương pháp, từ đó truy thu thuế GTGT, tính tiền chậm nộp và xử phạt vi phạm hành chính.

Thứ ba, rủi ro về thuế TNDN và chi phí. Việc thay đổi phương pháp GTGT kéo theo thay đổi cách xác định chi phí hợp lý. Trong thanh tra, cơ quan thuế thường rà soát chéo để loại trừ các chi phí không phù hợp với phương pháp tính thuế đang áp dụng, gây thiệt hại kép cho doanh nghiệp.

Ảnh 2: Rủi ro pháp lý khi thay đổi phương pháp tính thuế GTGT lúc đang thanh tra thuế – Hotline 097.211.8764/ 0969.760.195

👉 Xem thêm: Áp dụng sai phương pháp GTGT có bị truy thu thuế TNDN không?

VI. CÁC TRƯỜNG HỢP CƠ QUAN THUẾ THƯỜNG TREO HOẶC BÁC HỒ SƠ THAY ĐỔI PHƯƠNG PHÁP GTGT

Qua thực tiễn làm việc, Công ty Luật TLK nhận thấy cơ quan thuế thường không bác hồ sơ bằng quyết định rõ ràng, mà áp dụng hình thức treo hồ sơ đối với các trường hợp nhạy cảm. Đây là trạng thái pháp lý bất lợi nhưng rất phổ biến.

Các trường hợp thường bị treo gồm: doanh nghiệp đang thanh tra, kiểm tra; doanh nghiệp có dấu hiệu rủi ro cao về GTGT; doanh nghiệp có biến động lớn về doanh thu, chi phí ngay trước thời điểm đề nghị thay đổi; hoặc doanh nghiệp từng bị xử phạt về hóa đơn, kê khai thuế.

Trong các tình huống này, việc tiếp tục thúc ép hoặc khiếu nại thường không mang lại hiệu quả, thậm chí khiến hồ sơ bị đánh giá tiêu cực hơn. Cách tiếp cận an toàn là giữ nguyên phương pháp hiện tại, phối hợp đầy đủ trong quá trình thanh tra, và chỉ thực hiện thay đổi sau khi đã có kết luận thanh tra cuối cùng.

👉 Xem thêm: Khi nào được thay đổi phương pháp tính thuế GTGT? Các mốc thời gian dễ sai

VII. CÁCH CÔNG TY LUẬT TLK XỬ LÝ AN TOÀN TRONG GIAI ĐOẠN THANH TRA, KIỂM TRA THUẾ

Trong giai đoạn doanh nghiệp đang bị thanh tra, kiểm tra thuế, Công ty Luật TLK không tiếp cận vấn đề theo hướng “làm thủ tục thay đổi bằng mọi giá”, mà áp dụng chiến lược quản trị rủi ro pháp lý tổng thể nhằm bảo vệ tối đa vị thế của doanh nghiệp trước cơ quan thuế.

Trước hết, TLK thực hiện đánh giá trạng thái pháp lý hiện tại của doanh nghiệp: phạm vi thanh tra, thời kỳ thanh tra, nội dung trọng tâm (GTGT, hóa đơn, chi phí, thuế TNDN…). Việc xác định đúng “điểm nóng” giúp tránh các hành vi có thể bị diễn giải là làm thay đổi căn cứ thanh tra.

Tiếp theo, TLK áp dụng nguyên tắc “đóng trạng thái – khóa rủi ro”: doanh nghiệp không thực hiện thay đổi phương pháp tính thuế GTGT trong thời gian thanh tra, không phát sinh các điều chỉnh lớn về kê khai, hóa đơn nếu không bắt buộc. Đây là nguyên tắc cốt lõi để tránh việc mở rộng phạm vi thanh tra hoặc phát sinh nghi ngờ về động cơ.

Song song, TLK xây dựng lộ trình pháp lý hậu thanh tra. Ngay khi có kết luận thanh tra hoặc quyết định xử lý cuối cùng, doanh nghiệp sẽ được tư vấn thời điểm phù hợp để thực hiện thay đổi phương pháp GTGT cho kỳ tính thuế tiếp theo, bảo đảm vừa đúng pháp luật vừa an toàn rủi ro.

👉 Xem thêm: Kê khai VAT sai kỳ: Rủi ro & cách xử lý an toàn

VIII. NÊN HAY KHÔNG NÊN THAY ĐỔI PHƯƠNG PHÁP TÍNH THUẾ GTGT TRONG THỜI GIAN THANH TRA?

Từ góc độ pháp lý và thực tiễn quản lý thuế, câu trả lời trong phần lớn trường hợp là KHÔNG NÊN. Mặc dù pháp luật không cấm tuyệt đối, nhưng việc thay đổi phương pháp GTGT trong giai đoạn thanh tra, kiểm tra không mang lại lợi ích thực chất, trong khi lại tiềm ẩn rủi ro rất lớn.

Doanh nghiệp chỉ nên xem xét thay đổi phương pháp tính thuế GTGT sau khi đã hoàn tất thanh tra, có kết luận rõ ràng và đã xử lý xong toàn bộ nghĩa vụ thuế phát sinh. Khi đó, việc thay đổi mới thực sự mang ý nghĩa quản trị và tối ưu hóa thuế trong khuôn khổ pháp luật.

IX. QUY TRÌNH TLK TƯ VẤN VÀ KIỂM SOÁT RỦI RO

Quy trình TLK áp dụng cho các doanh nghiệp đang thanh tra, kiểm tra thuế bao gồm:

1. Rà soát hồ sơ thuế, hóa đơn, kế toán theo phạm vi thanh tra;

2. Đánh giá rủi ro pháp lý liên quan đến phương pháp GTGT hiện tại;

3. Tư vấn chiến lược ứng xử và làm việc với đoàn thanh tra;

4. Xây dựng lộ trình thay đổi phương pháp GTGT sau thanh tra;

5. Hỗ trợ thực hiện thủ tục thay đổi đúng thời điểm, đúng quy định.

X. CAM KẾT CỦA CÔNG TY LUẬT TLK

• Chỉ áp dụng và viện dẫn văn bản pháp luật còn hiệu lực;

• Ưu tiên an toàn pháp lý và lợi ích dài hạn của doanh nghiệp;

• Không tư vấn giải pháp mang tính đối phó hoặc né tránh nghĩa vụ thuế;

• Bảo mật tuyệt đối thông tin tài chính – thuế – nội bộ doanh nghiệp.

XI. CÁC CÂU HỎI THƯỜNG GẶP CỦA KHÁCH HÀNG

1. Doanh nghiệp đang thanh tra thuế có được đổi phương pháp GTGT không?
Về lý thuyết không bị cấm, nhưng thực tiễn hầu như không được chấp thuận và tiềm ẩn rủi ro cao.

2. Nếu vẫn nộp hồ sơ thay đổi thì có bị phạt không?
Có thể không bị phạt ngay, nhưng dễ bị treo hồ sơ hoặc mở rộng phạm vi thanh tra.

3. Có nên xuất hóa đơn theo phương pháp mới khi đang thanh tra không?
Không. Đây là hành vi rủi ro rất cao và dễ bị coi là kê khai sai phương pháp.

4. Thay đổi phương pháp GTGT có làm tăng rủi ro truy thu không?
Có. Đặc biệt khi thanh tra đang tập trung vào GTGT hoặc hóa đơn.

5. Khi nào là thời điểm an toàn để thay đổi phương pháp GTGT?
Sau khi có kết luận thanh tra và áp dụng cho kỳ tính thuế tiếp theo.

6. Hồ sơ thay đổi bị treo có nên khiếu nại không?
Không nên khiếu nại ngay. Cần đánh giá chiến lược tổng thể trước.

7. Doanh nghiệp nhỏ có nên chuyển sang phương pháp trực tiếp không?
Chỉ nên khi mô hình kinh doanh phù hợp và không trong giai đoạn thanh tra.

8. Việc thay đổi phương pháp GTGT ảnh hưởng gì đến thuế TNDN?
Ảnh hưởng trực tiếp đến chi phí được trừ và số thuế TNDN phải nộp.

9. Có thể quay lại phương pháp khấu trừ sau khi thanh tra không?
Có thể, nếu đáp ứng điều kiện và thực hiện đúng thủ tục cho kỳ sau.

10. Khi nào doanh nghiệp nên nhờ luật sư tư vấn về thuế?
Ngay khi có dấu hiệu thanh tra, kiểm tra hoặc ý định thay đổi phương pháp GTGT.

👉  Quý Khách hàng có thể tham khảo thêm thông tin về Hệ sinh thái TLK và các gói ưu đãi dịch vụ Pháp lý, Kế toán – Thuế đang được áp dụng dưới đây.

🔗 Chính sách ưu đãi dịch vụ pháp lý của Công ty Luật TLK

🔗 Chính sách ưu đãi dịch vụ Kế toán – Thuế của Công ty Tư vấn và Đại lý thuế TLK Global

🔗 Hệ sinh thái TLK: Công ty Luật TLK và Công ty Tư vấn và Đại lý Thuế TLK Global

XII. THÔNG TIN LIÊN HỆ CÔNG TY LUẬT TLK

Công ty Luật TLK cung cấp dịch vụ tư vấn pháp lý – thuế – doanh nghiệp – đầu tư – hợp đồng – tranh tụng với định hướng an toàn pháp lý, kiểm soát rủi ro và tối ưu lợi ích hợp pháp cho khách hàng. Đội ngũ luật sư và chuyên gia của TLK có kinh nghiệm thực tiễn trong việc rà soát, xử lý hồ sơ thuế phức tạp, làm việc với cơ quan thuế và hỗ trợ doanh nghiệp trong các giai đoạn thanh tra, kiểm tra.

Để được tư vấn cụ thể theo hồ sơ, xây dựng phương án xử lý đúng pháp luật – đúng thời điểm – an toàn rủi ro, vui lòng liên hệ Công ty Luật TLK theo thông tin sau:

CÔNG TY LUẬT TLK

🌐 Website: tlklawfirm.vn
📧 Email: info@tlklawfirm.vn
☎ Tel: 0243.2011.747
📞 Hotline: 097.211.8764 / 0969.760.195