Doanh nghiệp đang thanh tra thuế có được thay đổi phương pháp tính thuế GTGT không?

I. CĂN CỨ PHÁP LÝ ÁP DỤNG

1. Luật Quản lý thuế số: 38/2019/QH14 được Quốc hội thông qua ngày 13/6/2019;

2. Luật Thuế giá trị gia tăng số: 48/2024/QH15 được Quốc hội thông qua ngày 29/11/2024, có hiệu lực từ 01/7/2025;

3. Luật Thuế thu nhập doanh nghiệp số: 67/2025/QH15 được Quốc hội thông qua ngày 29/11/2025, có hiệu lực từ 01/10/2025;

4. Nghị định số: 125/2020/NĐ-CP do Chính phủ ban hành ngày 19/10/2020, quy định xử phạt vi phạm hành chính về thuế và hóa đơn;

5. Nghị định số: 126/2020/NĐ-CP do Chính phủ ban hành ngày 19/10/2020, quy định chi tiết một số điều của Luật Quản lý thuế;

6. Thông tư số: 80/2021/TT-BTC do Bộ Tài chính ban hành ngày 29/9/2021, hướng dẫn thi hành Luật Quản lý thuế;

7. Các văn bản hướng dẫn thi hành khác có liên quan còn hiệu lực.

II. NHẬN ĐỊNH PHÁP LÝ VÀ CHIẾN LƯỢC KIỂM SOÁT RỦI RO

Trong đa số trường hợp, doanh nghiệp đang bị thanh tra, kiểm tra thuế không nên và thường không được chấp nhận thay đổi phương pháp tính thuế giá trị gia tăng ngay tại thời điểm này, do rủi ro pháp lý rất cao và dễ bị cơ quan thuế đánh giá là hành vi điều chỉnh nghĩa vụ thuế.

Thực tế cho thấy, nhiều doanh nghiệp vì áp lực tài chính hoặc thay đổi mô hình kinh doanh đã chủ động đăng ký chuyển phương pháp tính thuế GTGT khi đã có quyết định thanh tra, kiểm tra, dẫn đến việc hồ sơ bị treo, bị yêu cầu giải trình sâu, thậm chí bị mở rộng phạm vi thanh tra sang nhiều kỳ và nhiều sắc thuế khác.

Bài viết này làm rõ doanh nghiệp đang thanh tra, kiểm tra thuế có được thay đổi phương pháp tính thuế GTGT hay không, những rủi ro pháp lý tiềm ẩn và hướng xử lý an toàn để tránh biến một quyết định quản trị thành rủi ro pháp lý nghiêm trọng.

👉 Xem thêm: Đăng ký thay đổi phương pháp tính thuế GTGT và TNDN cho doanh nghiệp (Mới nhất)

III. TỔNG QUAN: THANH TRA, KIỂM TRA THUẾ LÀ GÌ VÀ VÌ SAO THAY ĐỔI PHƯƠNG PHÁP GTGT LÚC NÀY RỦI RO?

Trong quản lý thuế, thanh tra và kiểm tra thuế là hai hình thức giám sát khác nhau nhưng đều đặt doanh nghiệp vào trạng thái bị kiểm soát chặt chẽ về nghĩa vụ thuế.

Kiểm tra thuế thường được thực hiện tại trụ sở cơ quan thuế hoặc tại doanh nghiệp để đối chiếu hồ sơ kê khai, trong khi thanh tra thuế có phạm vi rộng hơn, thời gian dài hơn và tập trung vào việc xác định bản chất tuân thủ pháp luật thuế của doanh nghiệp trong nhiều kỳ.

Khi doanh nghiệp đã nằm trong một trong hai trạng thái này, mọi thay đổi liên quan đến:

• phương pháp tính thuế GTGT,

• cách khấu trừ thuế,

• cách xác định nghĩa vụ thuế,

đều có thể bị cơ quan thuế đặt nghi vấn về mục đích và hệ quả pháp lý.

Thực tiễn cho thấy, việc thay đổi phương pháp tính thuế GTGT trong giai đoạn thanh tra, kiểm tra thường bị xem xét dưới ba góc độ rủi ro:

Thứ nhất, rủi ro bị coi là điều chỉnh nghĩa vụ thuế cho các kỳ đang bị xem xét, dù doanh nghiệp không có chủ ý gian lận.

Thứ hai, rủi ro bị mở rộng phạm vi thanh tra, không chỉ dừng ở thuế GTGT mà lan sang thuế thu nhập doanh nghiệp, hóa đơn, chi phí được trừ.

Thứ ba, rủi ro bị áp dụng biện pháp xử phạt nặng hơn, do cơ quan thuế đánh giá doanh nghiệp không giữ nguyên trạng hồ sơ trong quá trình kiểm tra.

Ảnh 1: Doanh nghiệp đang thanh tra thuế và rủi ro khi thay đổi phương pháp tính thuế GTGT – Hotline 097.211.8764/ 0969.760.195

IV. ĐIỀU KIỆN ĐỂ ĐƯỢC THAY ĐỔI PHƯƠNG PHÁP TÍNH THUẾ GTGT KHI ĐANG THANH TRA, KIỂM TRA

Khi doanh nghiệp đang trong trạng thái thanh tra, kiểm tra thuế, nguyên tắc chung là phải giữ nguyên trạng nghĩa vụ thuế và cách áp dụng phương pháp cho các kỳ đang bị xem xét. Việc thay đổi phương pháp tính thuế GTGT tại thời điểm này chỉ có thể được chấp nhận trong những trường hợp rất hạn chế và phải đáp ứng đồng thời nhiều điều kiện chặt chẽ.

Trước hết, không được áp dụng hồi tố. Dù được chấp thuận thay đổi, phương pháp mới chỉ có hiệu lực cho kỳ tính thuế tiếp theo, không điều chỉnh cho các kỳ đang thanh tra. Đây là “ranh giới an toàn” mà cơ quan thuế thường yêu cầu doanh nghiệp tuân thủ tuyệt đối.

Thứ hai, không làm phát sinh thay đổi nghĩa vụ thuế của các kỳ đang kiểm tra. Nếu việc chuyển phương pháp dẫn đến thay đổi số thuế phải nộp/khấu trừ của các kỳ đang bị xem xét, rủi ro bị từ chối hoặc bị đánh giá là điều chỉnh nghĩa vụ thuế là rất cao.

Thứ ba, phải có sự nhất quán dữ liệu giữa hồ sơ kế toán, hóa đơn điện tử và tờ khai thuế. Bất kỳ mâu thuẫn nào phát sinh trong giai đoạn thanh tra đều có thể khiến hồ sơ bị treo hoặc mở rộng phạm vi kiểm tra.

👉 Xem thêm: Doanh nghiệp áp dụng sai phương pháp tính thuế GTGT – Rủi ro truy thu và cách xử lý

V. HỒ SƠ – QUY TRÌNH – THỜI GIAN: LÀM GÌ ĐỂ KHÔNG BỊ COI LÀ “ĐIỀU CHỈNH NGHĨA VỤ THUẾ”?

Trong bối cảnh đang thanh tra, kiểm tra, quy trình an toàn không phải là “đổi ngay”, mà là đổi đúng thời điểm và đúng cách.

Về hồ sơ, doanh nghiệp cần:

• Xác định rõ phương pháp GTGT đang áp dụng cho các kỳ bị thanh tra;

• Chuẩn bị hồ sơ đăng ký/thông báo thay đổi cho kỳ tính thuế sau khi kết thúc thanh tra;

• Thể hiện rõ mốc hiệu lực áp dụng phương pháp mới để tránh hiểu nhầm là hồi tố.

Về quy trình, trình tự an toàn thường là:

1. Rà soát toàn bộ lịch sử áp dụng phương pháp GTGT và các tờ khai liên quan;

2. Đánh giá rủi ro phát sinh nếu thay đổi trong giai đoạn đang thanh tra;

3. Lập kế hoạch thay đổi cho kỳ tiếp theo, không chồng lấn kỳ đang bị kiểm tra;

4. Thực hiện thủ tục đăng ký theo đúng hướng dẫn của cơ quan thuế.

Sai sót phổ biến là:

• Nộp hồ sơ thay đổi trong khi chưa xác định xong kỳ bị thanh tra;

• Áp dụng phương pháp mới ngay khi nộp hồ sơ;

• Không tách bạch dữ liệu trước và sau thời điểm thay đổi.

VI. HỒ SƠ BỊ TỪ CHỐI/CHƯA CHẤP NHẬN TRONG GIAI ĐOẠN THANH TRA VÀ CÁCH CÔNG TY LUẬT TLK XỬ LÝ

Trong thực tiễn, hồ sơ thay đổi phương pháp GTGT nộp trong thời gian thanh tra thường không bị từ chối ngay, nhưng rơi vào trạng thái chưa được chấp nhận hiệu lực, kéo dài nhiều tháng.

Các nguyên nhân phổ biến gồm:

• Doanh nghiệp đang có quyết định thanh tra/kiểm tra chưa kết thúc;

• Cơ quan thuế cần giữ nguyên trạng để xác định nghĩa vụ thuế;

• Hồ sơ có dấu hiệu ảnh hưởng đến kết quả thanh tra.

Cách tiếp cận an toàn là:

• Không tiếp tục thúc đẩy việc thay đổi trong giai đoạn thanh tra;

• Rà soát, chuẩn hóa hồ sơ cho các kỳ đang bị kiểm tra;

• Lập lộ trình chuyển đổi phương pháp sau khi có kết luận thanh tra.

👉Xem thêm: Doanh nghiệp đang thanh tra thuế có được thay đổi phương pháp tính thuế GTGT không?

VII. LỖI – RỦI RO – MỨC PHẠT KHI THAY ĐỔI PHƯƠNG PHÁP GTGT TRONG THỜI GIAN THANH TRA

Việc thay đổi phương pháp tính thuế GTGT trong giai đoạn thanh tra có thể bị xử lý tùy theo tính chất và hậu quả của hành vi.

Một là, vi phạm thủ tục nhưng không làm thay đổi nghĩa vụ thuế. Trường hợp này thường bị:

• Yêu cầu hủy hoặc treo hiệu lực thay đổi;

• Buộc giữ nguyên phương pháp cũ cho kỳ đang thanh tra.

Hai là, hành vi làm thay đổi nghĩa vụ thuế của kỳ đang kiểm tra. Doanh nghiệp có thể bị:

• Truy thu thuế phát sinh;

• Xử phạt vi phạm hành chính;

• Tính tiền chậm nộp theo thời gian sai phạm.

Ba là, hành vi bị đánh giá là điều chỉnh có chủ đích trong giai đoạn thanh tra. Đây là nhóm rủi ro cao, thường kéo theo:

• Mở rộng phạm vi thanh tra;

• Rà soát nhiều sắc thuế;

• Gia tăng mức độ xử lý.

👉Xem thêm: Kê khai VAT sai kỳ: Rủi ro & cách xử lý an toàn

Ảnh 2: Rủi ro và mức phạt khi thay đổi phương pháp tính thuế GTGT trong thời gian thanh tra – Hotline 097.211.8764/ 0969.760.195

VIII. LỢI ÍCH KHI XỬ LÝ ĐÚNG LỘ TRÌNH: GIẢM PHẠT – KHÓA RỦI RO – ỔN ĐỊNH HỒ SƠ

Xử lý đúng lộ trình thay đổi phương pháp tính thuế GTGT trong bối cảnh thanh tra, kiểm tra giúp doanh nghiệp đạt được ba lợi ích cốt lõi.

Về pháp lý, doanh nghiệp tránh bị đánh giá là điều chỉnh nghĩa vụ thuế trong thời gian bị kiểm soát, từ đó hạn chế nguy cơ mở rộng phạm vi thanh tra sang các sắc thuế khác. Việc giữ nguyên trạng hồ sơ trong giai đoạn nhạy cảm cũng giúp quá trình giải trình minh bạch và nhất quán.

Về tài chính, doanh nghiệp giảm thiểu khả năng bị truy thu, phạt vi phạm hành chính và tiền chậm nộp phát sinh nhiều kỳ. Điều này có ý nghĩa đặc biệt trong giai đoạn dòng tiền chịu áp lực do thanh tra kéo dài.

Về vận hành, kế toán – hóa đơn – kê khai được đồng bộ, giảm xung đột dữ liệu trước/sau thanh tra, giúp doanh nghiệp chủ động xây dựng kế hoạch chuyển đổi phương pháp GTGT cho kỳ tiếp theo một cách an toàn.

👉Xem thêm: Khi nào được thay đổi phương pháp tính thuế GTGT? Các mốc thời gian dễ sai

IX. QUY TRÌNH CÔNG TY LUẬT TLK HỖ TRỢ DOANH NGHIỆP

Công ty Luật TLK triển khai hỗ trợ theo quy trình 4 bước, tập trung kiểm soát rủi ro trong giai đoạn thanh tra:

1. Rà soát trạng thái pháp lý hiện tại: phương pháp GTGT đang áp dụng, phạm vi và thời gian thanh tra/kiểm tra;

2. Đánh giá rủi ro GTGT – TNDN – hóa đơn nếu thực hiện thay đổi trong giai đoạn này;

3. Xây dựng lộ trình an toàn: giữ nguyên trạng trong thanh tra, chuẩn bị hồ sơ cho kỳ áp dụng hợp lệ tiếp theo;

4. Đồng hành làm việc với cơ quan thuế khi có yêu cầu giải trình, bảo đảm thống nhất dữ liệu.

👉Xem thêm: Doanh nghiệp có bị xử phạt khi thay đổi phương pháp tính thuế GTGT sai thời điểm không?

X. TLK CAM KẾT

• Chỉ sử dụng căn cứ pháp lý còn hiệu lực, đúng thứ tự Luật → Nghị định → Thông tư;

• Đặt an toàn pháp lý và lợi ích dài hạn của doanh nghiệp lên hàng đầu;

• Tư vấn trung thực, có lộ trình, không khuyến nghị giải pháp rủi ro;

• Bảo mật tuyệt đối thông tin khách hàng.

XI. CÁC CÂU HỎI THƯỜNG GẶP CỦA KHÁCH HÀNG

1. Doanh nghiệp đang thanh tra có được đổi phương pháp GTGT không?
Thông thường không nên. Phần lớn trường hợp cơ quan thuế yêu cầu giữ nguyên trạng để xác định nghĩa vụ các kỳ đang bị kiểm tra.

2. Nếu vẫn nộp hồ sơ thay đổi trong giai đoạn thanh tra thì sao?
Hồ sơ thường bị treo hoặc chưa được chấp nhận hiệu lực cho đến khi kết thúc thanh tra.

3. Có trường hợp ngoại lệ được chấp thuận không?
Chỉ trong tình huống rất hẹp, khi việc thay đổi không ảnh hưởng nghĩa vụ các kỳ đang thanh tra và có hướng dẫn rõ từ cơ quan thuế.

4. Áp dụng hồi tố phương pháp GTGT mới có được không?
Không. Hồi tố là rủi ro cao và dễ bị xử phạt.

5. Thay đổi trong thanh tra có bị phạt ngay không?
Tùy hậu quả. Nếu làm thay đổi nghĩa vụ thuế, doanh nghiệp có thể bị truy thu, phạt và tính tiền chậm nộp.

6. Việc đổi phương pháp GTGT có ảnh hưởng thuế TNDN không?
Có. Khấu trừ GTGT sai có thể dẫn đến điều chỉnh chi phí và thu nhập chịu thuế TNDN.

7. Khi nào nên thực hiện thay đổi phương pháp GTGT an toàn nhất?
Sau khi kết thúc thanh tra/kiểm tra và áp dụng cho kỳ tính thuế hợp lệ tiếp theo.

8. Cơ quan thuế phát hiện rủi ro bằng cách nào?
Thông qua đối chiếu dữ liệu kê khai, hóa đơn điện tử và lịch sử áp dụng phương pháp.

9. Nếu đã lỡ nộp hồ sơ trong giai đoạn thanh tra thì xử lý thế nào?
Nên rà soát lại toàn bộ hồ sơ, giữ nguyên trạng và xây dựng lộ trình áp dụng sau thanh tra.

10. Doanh nghiệp có cần luật sư hỗ trợ trong giai đoạn này không?
Rất cần, để đánh giá rủi ro, chuẩn hóa hồ sơ và làm việc hiệu quả với cơ quan thuế.

👉 Quý Khách hàng có thể tham khảo thêm thông tin về Hệ sinh thái TLK và các gói ưu đãi dịch vụ Pháp lý, Kế toán – Thuế đang được áp dụng dưới đây.

🔗 Chính sách ưu đãi dịch vụ pháp lý của Công ty Luật TLK

🔗 Chính sách ưu đãi dịch vụ Kế toán – Thuế của Công ty Tư vấn và Đại lý thuế TLK Global

🔗 Hệ sinh thái TLK: Công ty Luật TLK và Công ty Tư vấn và Đại lý Thuế TLK Global

Ảnh 3: Thay đổi phương pháp tính thuế GTGT khi đang thanh tra – Hotline 097.211.8764/ 0969.760.195

XII. THÔNG TIN LIÊN HỆ CÔNG TY LUẬT TLK

Công ty Luật TLK cung cấp tư vấn pháp lý – thuế chuyên sâu cho doanh nghiệp, đặc biệt trong các tình huống thanh tra, kiểm tra thuế, thay đổi phương pháp tính thuế GTGT, kiểm soát rủi ro truy thu – xử phạt và đồng hành làm việc với cơ quan thuế.

CÔNG TY LUẬT TLK

🌐 Website: tlklawfirm.vn
📧 Email: info@tlklawfirm.vn
☎ Tel: 0243.2011.747
📞 Hotline: 097.211.8764 / 0969.760.195